[发明专利]一种推断寡核苷酸在基因组上结合位点的方法和系统

权利要求书

1.一种推断寡核苷酸在基因组上结合位点的方法，其特征在于，包括：

构建任意7-mer寡核苷酸的热力学信息的索引表，所述热力学信息为所 述寡核苷酸与其所有结合序列两两杂交的信息，包括杂交结构、杂交序列、 焓、熵以及自由能；

利用所述索引表获取待推断寡核苷酸的热力学信息，并在获得的热力学 信息基础上确定在热力学上稳定的结合序列；

在基因组上寻找所述结合序列，并定位其在基因组上的位置。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述索引表的热力学信息 中的焓ΔH°通过将所述杂交结构中从起始至结束的完美匹配碱基对之间的序 列所包含的完美匹配的二聚体结构和非完美匹配结构的焓累加得到；

所述熵ΔS°通过将所述杂交结构中从起始至结束的完美匹配碱基对之间 的序列所包含的完美匹配的二聚体结构和非完美匹配结构的熵累加得到；

所述自由能通过总焓和总熵根据盐浓度校正公 和计算得到，所述总焓通过将 所述杂交结构中所有完美匹配的二聚体结构和非完美匹配结构的焓，与起始 和结束单独碱基对GC或AT的焓以及序列对称性的焓累加得到，所述总熵通 过将所述杂交结构中所有完美匹配的二聚体结构和非完美匹配结构的熵，与 起始和结束单独碱基对GC或AT的熵以及序列对称性的熵累加得到，

使五进制数中的0、1、2、3分别对应四种脱氧核糖核酸中的一种，4对 应空位gap，将所述7-mer寡核苷酸与其所有结合序列中的DNA序列码转换 为五进制数，然后将该五进制数转换为十进制数。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，利用所述索引表获取 待推断寡核苷酸的热力学信息，并在获得的热力学信息基础上确定在热力学 上稳定的结合序列包括：

将待推断寡核苷酸以7-mer的长度自5'端方向至3'端进行分割，得到长 度为7-mer的寡核苷酸片段和/或长度小于7-mer的寡核苷酸片段；

对于长度为7-mer的寡核苷酸片段，其热力学信息通过查找上述索引表 获得，对于长度小于7-mer的寡核苷酸片段，其热力学信息通过重新构建获 得；

将各分割得到的寡核苷酸片段的热力学信息进行组合，并将每个组合中 的各项热力学信息进行加和，得到待推断寡核苷酸的热力学信息；

根据待推断寡核苷酸的热力学信息中的自由能的大小，确定所述待推断 寡核苷酸在热力学上稳定的结合序列。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在基因组上寻找所述结合 序列，并定位它们在基因组上的位置包括：

根据9-mer索引算法构建基因组中任意9-mer序列，从5’端至3’端方 向，在正义链和反义链的位置信息；

在基因组上定位已获得的待推断寡核苷酸在热力学上稳定的结合序列。

5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，长度为7-mer寡核苷酸片 段的热力学信息通过查找上述索引表获得包括：

使五进制数中的0、1、2、3分别对应四种脱氧核糖核酸中的一种，4对 应空位gap，将分割待推断寡核苷酸得到的7-mer寡核苷酸片段的DNA序列 码转换五进制数，然后将该五进制数转换为十进制数，

查找所述7-mer寡核苷酸片段的十进制数在所述索引表中对应的热力学 信息即得到该7-mer寡核苷酸片段的热力学信息。