[发明专利]一种用于检测PDGFRA基因热点突变的核苷酸组、试剂盒及检测方法

权利要求书

1.一种用于检测PDGFRA基因突变的核苷酸组，其特征在于，所述核苷酸组包括用于检测所述PDGFRA基因的第12号外显子的引物、荧光探针和锁核酸探针、以及用于检测所述PDGFRA基因的第18号外显子的引物、荧光探针和锁核酸探针，所述引物包括：正向引物和反向引物，其中，

PDGFRA基因第12号外显子的正向引物如序列表中SEQ ID NO.1所示；

PDGFRA基因第12号外显子的反向引物如序列表中SEQ ID NO.2所示；

PDGFRA基因第12号外显子的荧光探针如序列表中SEQ ID NO.3所示；

PDGFRA基因第12号外显子突变类型为V561D的锁核酸探针如序列表中SEQ ID NO.7所示；

PDGFRA基因第18号外显子的正向引物如序列表中SEQ ID NO.4所示；

PDGFRA基因第18号外显子的反向引物如序列表中SEQ ID NO.5所示；

PDGFRA基因第18号外显子的荧光探针如序列表中SEQ ID NO.6所示；

PDGFRA基因第18号外显子突变类型为D842V的锁核酸探针如序列表中SEQ ID NO.8所示；

所述荧光探针的5’端均连接有FAM荧光基团，所述荧光探针的3’端均连接有BHQ淬灭基团，所述锁核酸探针的3’端均连接有PO4基团。

2.一种用于检测PDGFRA基因突变的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括：如权利要求1所述的核苷酸组。

3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括：PCR反应液、阳性质控品、阴性质控品、测序反应液、消化酶系和测序PCR产物纯化试剂。

4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述PCR反应液包括：含Mg²⁺的5×PCR缓冲液5μl、2.5mmol/L dNTPs 1.5μl、5U/μl Taq酶0.2μl和20ng/μl的模板DNA 2μl。

5.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述消化酶系包括碱性磷酸酶和核酸外切酶Ⅰ。

6.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述测序反应液包括：3μmol/L所述PDGFRA基因第12号外显子的正向引物1μl、3μmol/L所述PDGFRA基因第18号外显子的正向引物1μl、0.3μl 5×Bigdye和0.45μl 2.5×Buffer。

7.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述测序PCR产物纯化试剂包括0.75mol/L NaCl和纳米磁珠。

8.一种非诊断目的检测PDGFRA基因突变的方法，采用权利要求2-7任一项所述的试剂盒，其特征在于，所述方法包括：

提取样本的基因组DNA；

以获得的所述基因组DNA作为模板DNA，采用所述试剂盒进行PCR扩增反应，得到PCR扩增产物；

对所述PCR扩增产物进行纯化，得到纯化的PCR扩增产物；

将所述纯化的PCR扩增产物作为模板，进行测序PCR扩增，得到测序PCR扩增产物；

将所述测序PCR扩增产物进行纯化；

将纯化后的所述测序PCR扩增产物测序分析，并与所述PDGFRA基因对应的野生型进行对比，判定所述样本中的所述PDGFRA基因是否发生突变。