[发明专利]同步检测五种猪病毒的液相基因芯片的核酸及其检测方法有效
申请号: | 201410606021.8 | 申请日: | 2014-10-30 |
公开(公告)号: | CN104328218A | 公开(公告)日: | 2015-02-04 |
发明(设计)人: | 陈茹;曹永长;高小博;宋长绪;于晓璐;邱杨;田纯见;朱道中;罗长保;薛春宜 | 申请(专利权)人: | 广东出入境检验检疫局检验检疫技术中心 |
主分类号: | C12Q1/70 | 分类号: | C12Q1/70;C12Q1/68;C12N15/11;C12R1/93 |
代理公司: | 北京慕达星云知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 11465 | 代理人: | 杨兵 |
地址: | 510623 广东省广*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 同步 检测 种猪 病毒 基因芯片 核酸 及其 方法 | ||
1.一组用于同步检测鉴别五种猪病毒的液相基因芯片的核酸,其特征在于,包括猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)和猪细小病毒(PPV)五种猪病毒的上、下游引物和杂交探针,其中,
所述PRRSV的上游引物序列如SEQ ID No.1所示,该上游引物序列5’端标记生物素,下游引物序列如SEQ ID No.2所示,杂交探针如SEQ ID No.3所示;
所述PCV-2的上游引物序列如SEQ ID No.5所示,下游引物序列如SEQ ID No.6所示,该下游引物5’端标记生物素,杂交探针如SEQ ID No.7;
所述PRV的上游引物序列如SEQ ID No.9所示,下游引物序列如SEQ ID No.10所示,该下游引物5’端标记生物素,杂交探针如SEQ ID No.11所示;
所述CSFV的上游引物序列如SEQ ID No.13所示,下游引物序列如SEQ ID No.14所示,该下游引物5’端标记生物素,杂交探针如SEQ ID No.15所示;
所述PPV的上游引物序列如SEQ ID No.17所示,下游引物序列如SEQ ID No.18所示,该下游引物5’端标记生物素,杂交探针如SEQ ID No.19所示;
其中,所述SEQ ID No.2的第10个碱基i为次黄嘌呤,所述SEQ ID No.3的第13位碱基i为次黄嘌呤;
所述五种猪病毒的杂交探针的5’端均标记氨基。
2.如权利要求1所述的核酸,其特征在于,该组核酸还包括检测PRRSV、PCV-2、PRV、CSFV和PPV的阳性扩增产物序列,其中,
所述检测PRRSV的阳性扩增产物序列,如SEQ ID No.4所示的序列;
所述检测PCV-2的阳性扩增产物序列,如SEQ ID No.8所示的序列;
所述检测PRV的阳性扩增产物序列,如SEQ ID No.12所示的序列;
所述检测CSFV的阳性扩增产物序列,如SEQ ID No.16所示的序列;
所述检测PPV的阳性扩增产物序列,如SEQ ID No.20所示的序列。
3.用于同步检测鉴别五种猪病毒的液相基因芯片的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括如权利要求1或/和权利要求2所述的核酸。
4.一种同步检测鉴别PRRSV、PCV-2、PRV、CSFV和PPV五种猪病毒的液相基因芯片检测方法,其特征在于,该方法包括以下步骤:
(1)、提取待检样品的核酸;
(2)、利用如权利要求1中所述检测鉴别PRRSV、PCV-2、PRV、CSFV和PPV五种猪病毒的液相基因芯片的上、下游引物对上述步骤(1)提取的待检样品的核酸进行不对称RT-PCR扩增,获得扩增产物;
(3)、利用如权利要求1中所述PRRSV、PCV-2、PRV、CSFV和PPV的杂交探针,与步骤(2)获得的扩增产物进行杂交反应;
(4)、用液相芯片仪检测步骤(3)杂交反应后的荧光值,根据检测的本底值,判定检测结果;
其中,
所述本底值的设定:同步平行设定3个空白对照进行上述步骤(2)、步骤(3)的反应,其中在所述空白对照,用水取代待测样品模板,其余试剂成分与反应条件不变;计算3个空白对照的测得荧光值的平均值,作为本底值;
结果判定:将被检样品的MFI值减去本底值,作为样品的MFI净值;当被检样品的MFI净值大于或等于2倍本底值时,判为阳性,否则判为阴性。
5.如权利要求4所述的液相基因芯片检测方法,其特征在于,步骤(2)中,所述PCR扩增的扩增体系,包括PRRSV、PCV-2、PRV、CSFV和PPV五种病毒上下游引物、Mg2+、dNTP、PCR缓冲液、反转录酶和Taq聚合酶混合酶(RT/Taq mix)、待检样品模板和水;
所述PRRSV上游引物的终浓度为800nmol/L,下游引物的终浓度为100nmol/L;PCV-2上游引物的终浓度为40nmol/L,下游引物终浓度为400nmol/L;PRV上游引物终浓度为100nmol/L,下游引物终浓度为800nmol/L;CSFV上游引物终浓度为40nmol/L,下游引物终浓度为400nmol/L;PPV上游引物终浓度为40nmol/L,下游引物终浓度为200nmol/L;
所述PCR扩增的扩增反应条件为:反应温度为50℃,反应15分钟进行反转录;94℃预变性2分钟;接着进行PCR循环反应:94℃变性10秒,55℃退火15秒,72℃延伸10秒,共进行40个循环;最后72℃延伸1分钟;
所述步骤(3)包括:
a.将所述5种猪病毒的杂交探针偶联到聚苯乙烯乳胶微球,所述聚苯乙烯乳胶微球带有COOH;
b.将步骤(1)获得的扩增产物与上述步骤a中偶联聚苯乙烯乳胶微球的杂交探针进行杂交反应;
c.杂交反应后,进行洗涤,之后加入链亲和素藻红蛋白(SAPE)进行温育,
d.取温育的混合液,检测荧光值;
其中,所述步骤b中杂交反应的条件为95℃,5min,57℃,300rpm,恒温杂交10min;所示步骤c加入所述SAPE的浓度6.7μg/mL,室温57℃温育10min。
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