[发明专利]探针及其用途有效
| 申请号： | 201410629930.3 | 申请日： | 2014-11-11 |
| 公开（公告）号： | CN105603052B | 公开（公告）日： | 2021-03-19 |
| 发明（设计）人： | 魏晓明;杨昀;田甜;孙岩 | 申请（专利权）人： | 武汉华大医学检验所有限公司;深圳华大基因股份有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6883 | 分类号： | C12Q1/6883;C12Q1/6869;C12N15/11;C12M1/34;C40B50/06;C40B60/14 |
| 代理公司： | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人： | 李志东 |
| 地址： | 430070 湖北省武汉市东湖*** | 国省代码： | 湖北;42 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 探针 及其 用途 | ||
1.一种确定待测样本FLG基因编码区核酸序列的方法，其特征在于，所述方法用于非诊断目的，包括以下步骤：
将基因组DNA片段化，以便获得DNA片段；
将所述DNA片段进行末端修复，以便获得经过末端修复的DNA片段；
在所述经过末端修复的DNA片段的3’末端添加碱基A，以便获得具有粘性末端A的DNA片段；
将所述具有粘性末端A的DNA片段与接头相连，以便获得连接产物；
利用一组探针对所述连接产物进行筛选，以便获得目的片段，所述目的片段构成高通量测序文库，所述高通量测序文库包含FLG基因编码区核酸序列；
对所述待测样本的高通量测序文库进行测序，以便获得测序结果；以及
基于所述测序结果，确定所述待测样本FLG基因编码区的核酸序列；
其中，所述一组探针的核苷酸序列如SEQ ID NO:1-1095所示。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，利用高通量测序技术优选Hiseq2000测序平台进行所述测序。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，进一步包括：
将所述待测样本FLG基因编码区的核酸序列与参考基因组序列进行比对，以便确定所述待测样本FLG基因编码区是否存在突变，并获得变异信息。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述参考基因组为所述待测样本来源物种的参考基因组序列。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述参考基因组为人类参考基因组。
6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述一组探针游离于溶液。
7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述一组探针结合于固相基质上，形成芯片。
8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，进一步包括从样本中提取基因组DNA的步骤。
9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述样本来源于哺乳动物。
10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述哺乳动物为人和小鼠的至少一种。
11.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述基因组DNA为人类全血基因组DNA。
12.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，利用covaris-S2打断仪将基因组DNA片段化。
13.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述DNA片段的长度为200-250bp。
14.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在将所述DNA片段进行末端修复前，进一步包括纯化DNA片段的步骤。
15.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，将所述DNA片段进行末端修复是利用Klenow片段、T4 DNA聚合酶和T4多核苷酸激酶进行的，其中，所述Klenow片段具有5’→3’聚合酶活性和3’→5’聚合酶活性，但缺少5’→3’外切酶活性。
16.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，将所述经过末端修复的DNA片段的3’末端添加碱基A是利用Klenow(3’-5’exo-)进行的。
17.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，将所述具有粘性末端A的DNA片段与接头相连是利用T4 DNA连接酶进行的。
18.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述高通量测序文库适于利用高通量测序技术优选Hiseq2000测序平台进行测序。
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