[发明专利]RNA测序数据处理的方法和装置

说明书

技术领域

本发明涉及测序数据处理领域，具体而言，涉及一种RNA测序数据的处理方法和装置。

背景技术

由于高通量测序技术具有通量高、成本低、数据信息量大的优点，越来越多的生物学研究人员选择采用高通量测序的方法作为一种研究的手段。然而，测序所得的数据是海量的，各大测序公司纷纷推出各种处理方法供用户选择，但现有技术中的测序数据的处理方法存在处理效率低下(只能针对单一样本进行分析)、输出结果单一、无法进行多样化分析的缺陷。

因此，急需建立一种能够对测序数据进行多样化分析的方法，以提供更准确、更全面的分析结果。

发明内容

本发明旨在提供一种RNA测序数据的处理方法和装置，以改善现有的处理方法所得结果单一、信息不全等缺陷。

为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种RNA测序数据的处理方法，方法包括：获取RNA测序数据的文件路径；根据RNA测序数据的文件路径获取包含RNA测序数据的测序数据文件；获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件，查询条件至少包括如下任意一种或多种条件：包含至少一个基因名称的基因名称列表以及至少一个样本的基因信息标签；根据查询条件从测序数据文件中查询得到RNA测序数据中满足查询条件的筛选结果；输出RNA测序数据中满足查询条件的筛选结果。

进一步地，通过如下任意一种方式获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表：方式一：通过应用界面提供的输入框接收用户输入的基因名称列表；方式二：确定基因名称列表对应的列表保存地址，根据列表保存地址读取并导入基因名称列表；方式三：根据预先确定的基因名称的筛选条件，从测序数据文件中筛选得到基因名称列表，其中，基因名称的筛选条件包括如下任意一个或多个信息：样品表达量、差异比较组以及基因功能。

进一步地，在通过方式三获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表的情况下：当基因名称的筛选条件至少包括样品表达量时，根据预先确定的基因名称的筛选条件，从测序数据文件中筛选得到基因名称列表的步骤包括：获取用户输入样品的RPKM阈值或FPKM阈值，根据样品的RPKM阈值或FPKM阈值，从测序数据文件中筛选得到满足样品的RPKM阈值或FPKM阈值的基因名称列表。

进一步地，在通过方式三获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表的情况下：当基因名称的筛选条件至少包括差异比较组时，根据预先确定的基因名称的筛选条件，从测序数据文件中筛选得到基因名称列表的步骤包括：获取用户输入的比较样品组的log₂fold change阈值和q值阈值，根据比较样品组的log₂fold change阈值和q值阈值，从测序数据文件中筛选得到满足比较样品组的log₂fold change阈值和q值阈值的基因名称列表。

进一步地，在通过方式三获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表的情况下：当基因名称的筛选条件至少包括基因功能时，根据预先确定的基因名称的筛选条件，从测序数据文件中筛选得到基因名称列表的步骤包括：获取用户输入包括如下任意一个或多个基因功能信息：GO ID号、GO注释库中的关键词、KEGG ID号以及KEGG注释库中的关键词；根据一个或多个功能信息，从测序数据文件中筛选得到满足一个或多个基因功能信息的基因名称列表。

进一步地，在获取到用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表之后，方法还包括：根据用户输入的提取基因的基因信息标签，获取测序数据文件中符合基因名称列表中的基因的基因信息标签；其中，基因信息标签包括基因功能注释、基因表达量、基因分子标记、基因序列、基因差异分析和基因富集。

进一步地，在基因信息标签为基因功能注释的情况下，在获取到用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表之后，方法还包括：获取用户输入的用于提取基因的如下任意一种或多种基因功能注释：基因长度、NR、NT、KEGG、Swissprot、PFAM和GO的功能注释；根据基因名称列表和一种或多种基因功能注释，从测序数据文件中查询得到满足基因名称列表和基因功能注释的筛选结果。