[发明专利]一种基于全基因组STR建立动物亲权鉴定系统的方法

权利要求书

1.一种基于全基因组STR建立动物亲权鉴定系统的方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)全基因组STR位点查找：通过串联重复序列查找软件Tandem Repeat Finder(TRF)在所研究物种全基因组参考序列中寻找所有STR位点；

2)STR位点的初步筛选：统计出该物种全基因组参考序列中重复单位为4个碱基的STR位点，并从中随机选取50～300个STR位点；

3)引物设计：对于步骤2)中所选取的每一个STR位点，在串联重复序列前后两端200碱基长度的保守序列内，分别设计用于多核苷酸扩增反应的正向引物和反向引物；

4)动物群体随机抽样并提取基因组DNA：在所研究的动物群体中通过随机抽样的方式获得样本，并提取样本中所有个体的基因组DNA；

5)STR位点群体多态性验证：

①使用步骤3)中的引物分别扩增样本中所有个体的基因组DNA目标基因组区域；

②扩增产物经分离后进行基因分型；

③以片段大小作为等位基因，计算各STR位点等位基因分布频率；

6)采用皮尔森卡方检验对步骤5)中各STR位点的基因型分布频率进行哈迪-温伯格平衡检验，筛选出符合哈迪-温伯格平衡的STR位点；

7)STR位点的法医学学应用价值评价：对步骤6)中筛选出的符合哈迪-温伯格平衡的STR位点分别计算其法医学参数；

8)建立STR亲权鉴定系统：根据法医学参数，选取若干独立位点，使得累积排除概率大于0.99，由这些位点及对应的引物组成该物种的STR亲权鉴定系统。

2.根据权利要求1所述的基于全基因组STR建立动物亲权鉴定系统的方法，其特征在于，所述步骤5)-②中，扩增产物经分离后根据片段大小，利用软件Genemapper3.5进行基因分型。

3.根据权利要求1所述的基于全基因组STR建立动物亲权鉴定系统的方法，其特征在于，所述步骤5)-③中，计算各位点等位基因频率，即计算各等位基因数量占该基因座全部等位基因总数的比率。

4.根据权利要求1所述的基于全基因组STR建立动物亲权鉴定系统的方法，其特征在于，步骤6)中，采用皮尔森卡方检验对各STR位点的基因型分布频率进行哈迪-温伯格平衡检验，哈迪-温伯格平衡是指基因型频率分布的观察值和理论值无显著差异，具体为：

①计算基因型分布频率的观察值：观察到的特定基因型个体数除以全部个体数；

②计算基因型分布频率的理论值：对于一个STR位点，假设有n个等位基因，用x_i代表该第i个等位基因的频率，则该位点的基因型分布频率的理论值计算公式为：

(Σi=1nxi)2=Σi=inxi2+2·Σi=1n-1(xi·Σj=i+1nxj),(Σi=1nxi=1)(i,j∈N)]]>

③用皮尔森卡方检验判断每个STR位点基因型频率分布的观察值和理论值是否具有显著差异，如果二者具有显著差异p<0.05，则该位点不符合哈迪-温伯格平衡，在后续步骤中将该位点剔除；如果二者不具有显著差异p>0.05，则该位点符合哈迪-温伯格平衡。