[发明专利]肿瘤易感基因目标序列捕获芯片、方法及突变检测方法

权利要求书

1.一种遗传性肿瘤易感基因目标序列捕获芯片，其特征在于，所述芯片为液相芯片，其上结合有能够同时捕获BARD1、BRCA2和PALB2基因的目标捕获区域的探针组合，其中BARD1基因包括c.640delA突变位点，BRCA2基因包括c.5800_5801insA、c.274_275insA和c.C1219T突变位点，PALB2基因包括c.1709_1710del突变位点，所述目标捕获区域包括所有外显子区域和外显子与内含子连接区域，所述遗传性肿瘤为乳腺癌。

2.根据权利要求1所述的遗传性肿瘤易感基因目标序列捕获芯片，其特征在于，所述液相芯片是以罗氏的Nimblegen EZ芯片为载体的液相芯片。

3.一种遗传性肿瘤易感基因目标序列捕获方法，其特征在于，所述方法包括使用权利要求1或2所述的遗传性肿瘤易感基因目标序列捕获芯片与待捕获DNA样本进行杂交的步骤。

4.一种遗传性肿瘤易感基因的基因突变的非诊断性检测方法，其特征在于，所述方法包括使用权利要求1或2所述的遗传性肿瘤易感基因目标序列捕获芯片与待捕获DNA样本进行杂交的步骤；和使用第二代高通量测序技术对捕获得到的目标DNA进行测序的步骤。

5.根据权利要求4所述的遗传性肿瘤易感基因的基因突变的非诊断性检测方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

(1)将待检测的基因组DNA样本打断成片段；

(2)对步骤(1)打断的片段进行纯化、末端修复、加接头，并用PCR进行扩增；

(3)将步骤(2)得到的产物与权利要求1-4任一项所述的遗传性肿瘤易感基因目标序列捕获芯片进行杂交，捕获到所述目标捕获区域的DNA片段；

(4)将步骤(3)捕获到的所述目标捕获区域的DNA片段洗脱下来，获得需要的目标DNA；

(5)使用步骤(4)获得的目标DNA构建测序文库；

(6)使用第二代高通量测序对步骤(5)得到的测序文库进行测序，得到reads；

(7)将步骤(6)得到的reads与参考基因组进行比对分析。

6.根据权利要求5所述的遗传性肿瘤易感基因的基因突变的非诊断性检测方法，其特征在于，所述步骤(1)中将待检测的基因组DNA样本打断成长度为220-400bp的片段。

7.根据权利要求5所述的遗传性肿瘤易感基因的基因突变的非诊断性检测方法，其特征在于，所述基因突变的形式为碱基替换、插入或缺失以及片段缺失或扩增。

8.根据权利要求5所述的遗传性肿瘤易感基因的基因突变的非诊断性检测方法，其特征在于，所述步骤(2)中的接头为CG测序平台的A接头；所述(5)具体为：再次进行PCR，对双链DNA进行环化，在所述A接头两端26bp处进行酶切，对切口进行末端修复，加B接头，然后将DNA双链分离成单链，并对所述单链进行环化。

9.根据权利要求5所述的遗传性肿瘤易感基因的基因突变的非诊断性检测方法，其特征在于，所述步骤(6)中的第二代高通量测序为CG测序，并且保证每个所述测序文库的原始数据量达到0.6Gb以上，目标区域的测序深度达到400×以上，目标区域覆盖度达到99％以上。

10.根据权利要求5所述的遗传性肿瘤易感基因的基因突变的非诊断性检测方法，其特征在于，所述步骤(7)具体为：

首先，将测序得到的reads比对到参考基因组上，不允许有插入和缺失；

然后，鉴定可能与所述参考基因组不一样的区域，将有可能比对到这些区域的reads挑选出来进行局部组装，将组装得到的序列与所述参考基因组进行比较，确定各种类型的突变；

其后，对检测到的突变进行打分；

最后，过滤掉低于预定质量，低于预定深度，低于预定频率的突变，得到最终突变列表。