[发明专利]用于结肠直肠癌中使用的生物标志物

说明书

技术领域

本发明总体上提供了可用于通过检测生物标志物概况中基因的改变甲基化水平而诊断、预后和治疗评价结肠直肠癌、特别是早期诊断、预后和治疗评价的组合物和方法。

背景技术

结肠直肠癌(CRC)可以大致分为遗传性(或家族性)形式和单个发生形式(sporadic form)。遗传性非息肉病性结肠直肠癌(HNPCC)或Lynch综合征在美国仅占结肠癌病例的2至3％。家族性腺瘤性息肉病(FAP)发生在1/20,000的活新生儿中，且占结肠癌病例的少于1％。相反，结肠癌的单个发生形式，其不具有强烈的基因或遗传性组分，占所有病例的超过80％。工业化国家似乎在它们的人口中具有CRC的最大风险，而癌症发病率仍在增加。CRC现在是全球癌症死亡的最主要原因之一。在美国，它是第三大常见癌症，且是所有癌症患者中癌症死亡的第二大常见原因。原因之一是缺乏有效的测试方法用于检测肿瘤和确定肿瘤对治疗的响应。

此外，一旦已经诊断结肠癌，则将癌症分期以便相应地计划治疗也是重要的。结肠癌的阶段包括0期、I期、II期、III期和IV期。CT扫描、MRI(磁共振成像)、PET扫描(正电子发射断层扫描)、胸部X光、手术、淋巴结活检、红和白血细胞的全血计数、血小板、血红蛋白等或癌胚抗原(CEA)测定是经常用于分期的测试和程序。

无论各种可用治疗的效率，已经显示CRC的早期阶段或者甚至癌前病变的筛选通常是最有效的，特别是用于降低疾病相关的死亡率和成本。然而，最常用的早期筛选方法不具有足够的灵敏度和特异性，并且它们经常是侵入且复杂的，因此患者接受度较差。尽管最近的研究进展已经显示，表观遗传甲基化大量存在于各种癌症中，且已经广泛研究了甲基化在癌症中的作用，然而，许多基于与结肠直肠癌相关的表观遗传甲基化的测试仅可适用于肿瘤活检组织中。因此，这些测试使用有限，因为，如众所周知，用于结肠直肠癌的传统手术活检和成像技术具有许多限制，因为它们是侵入性的，对经历所述程序的患者造成感染和持续不利影响的风险。因此，非常需要以灵敏和依从的方式诊断和评价CRC及其易患性的筛选测试。

发明内容

本发明的一个方面提供了使用生物标志物概况的方法，对于所述生物标志物概况而言，甲基化水平在评估CRC阶段、发展和对治疗响应中是重要且显著的。更重要地，基于这种标志物概况的测试方法允许检测全血、血清或血浆中的循环甲基化生物标志物，这提供了用于诊断CRC和监测癌症进展和对治疗的响应的非侵入性的期望方法。在本发明中，获得可用血液样品操作的测定不仅对于临床环境中此类方法的各种优点、而且同样对于克服行业面临的困难是至关重要的，所述困难为：因为可能的降解，不是所有生物标志物在血液中是完整的，以及不是所有生物标志物对于不同类型的样品都具有类似令人满意的表现。

本发明总体上提供了评价受试者中的结肠直肠癌(CRC)的方法。所述方法包括：(1)从所述受试者获得血液样品；(2)使所述血液样品经受一定条件，所述条件允许核酸扩增以产生对于血液样品中可操作的CRC生物标志物概况中至少一种生物标志物的甲基化状态特异性的扩增产物；和(3)鉴定对于血液样品中可操作的甲基化CRC生物标志物特异性的扩增产物，其中此类扩增产物的存在表明所述受试者中存在CRC，并且其中此类扩增产物的不存在表明所述受试者中不存在CRC。在该方法中，血液样品中可操作的CRC生物标志物概况包含PROM1、SARP1、MSF1及其组合。因此，在一个实施方案中，可以产生对于PROM1的甲基化状态特异性的扩增产物，以便评价患者中的CRC。在另一个实施方案中，可以产生对于SARP1的甲基化状态特异性的扩增产物，以便评价患者中的CRC。在又一个实施方案中，可以产生对于MSF1的甲基化状态特异性的扩增产物，以便评价患者中的CRC。在又一个实施方案中，可以产生对于PROM1的甲基化状态特异性的扩增产物和对于SARP1的甲基化状态特异性的扩增产物，以便评价患者中的CRC。在又一个实施方案中，可以产生对于PROM1的甲基化状态特异性的扩增产物和对于MSF1的甲基化状态特异性的扩增产物，以便评价患者中的CRC。在一个其他实施方案中，可以产生对于MFS1的甲基化状态特异性的扩增产物和对于SARP1的甲基化状态特异性的扩增产物，以便评价患者中的CRC。在又一个实施方案中，可以产生对于PROM1的甲基化状态特异性的扩增产物、对于SARP1的甲基化状态特异性的扩增产物和对于MFS1的甲基化状态特异性的扩增产物，以便评价患者中的CRC。