[发明专利]检测CALR基因第9外显子突变的试剂和方法

权利要求书

1.一种检测CALR基因第9外显子突变的试剂，其特征在于，所述试剂包含扩增引物CALR-F和CALR-R，其核苷酸序列如下：

CALR-F：5’-CTGGTCCTGGTCCTGATGTC-3’；

CALR-R：5’-ACCAAAATCCACCCCAAAT-3’。

2.如权利要求1所述的试剂，其特征在于，所述试剂还包括测序引物CALR-F，所述测序引物的核苷酸序列如下：

CALR-F：5’-CTGGTCCTGGTCCTGATGTC-3’。

3.一种判断CALR基因第9外显子突变的方法，其特征在于包括以下步骤：

 提取人全血样本中的DNA；

 用CALR-F和CALR-R这对引物进行PCR扩增；所述引物的核苷酸序列如下：

CALR-F：5’-CTGGTCCTGGTCCTGATGTC-3’；

CALR-R：5’-ACCAAAATCCACCCCAAAT-3’；

 PCR产物鉴定：用2%的琼脂糖凝胶电泳鉴定扩增条带，并将PCR产物进行纯化及测序；

 标准比对序列的制作：参考序列号为NG_029662和NM_004343的两条序列，根据CDS区域，获取CALR第9外显子参与编码蛋白的区域序列；

 测序结果的分析：将比对序列和测序结果进行比对，判读测序结果；

 结果判读，确定突变类型。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，PCR扩增方条件为：95℃预变性10min；98℃变性10s，62℃退火30s，每循环下降1℃，68℃延伸30s，10个循环；98℃变性10s，54℃退火30s，68℃延伸30s，20个循环；68℃ 2min。

5.如权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤（4）所述的CALR第9外显子为整个第9外显子的编码区域。

6.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述的结果判读，确定突变类型的方法为：

在标准比对序列范围内，与比对序列完全一致，则为未突变；

在标准比对序列78位对应于测序序列位置，开始出现套峰，且套峰的前6位序列为“ACAAGG”，则为c.1092_1143del 52bp突变；

在标准比对序列134位对应于测序序列位置，开始出现套峰，且套峰的前5位序列为“TTGTC”，则为c.1154_1155insTTGTC突变；

在标准比对序列82位对应于测序序列位置，开始出现套峰，且套峰的前9位序列为“GGAGGAGGC”，则为c.1103_1136del 34bp突变。