[发明专利]用于鉴定患者特定驱动突变物的方法和系统

权利要求书

1.编码荧光易位报告物(FTR)基因的表达载体在制备用于鉴定癌症患者的生物样品中的一种或更多种患者特定驱动突变物的试剂盒中的用途，当所述试剂盒被使用时，包括以下步骤：

a)从所述生物样品获得多种mRNA；

b)由所述多种mRNA产生cDNA文库；

c)使用与编码已知的信号转导蛋白的多核苷酸互补的一组引物扩增所述cDNA文库中的特定cDNA；

d)形成所扩增的cDNA的单独的表达构建体，其中所述cDNA被可操作地连接至启动子；

e)形成携带来自肿瘤的所扩增的cDNA的第一组表达构建体及相应的野生型cDNA的第二组表达构建体的可寻址阵列；

从而提供在编码所述信号转导蛋白的多核苷酸中携带候选突变的表达构建体的可寻址阵列，所述可寻址阵列适合鉴定所述癌症患者的生物样品中的患者特定驱动突变物；

(f)对于所述可寻址阵列中的每个位点，加入所述编码荧光易位报告物(FTR)基因的表达载体，所述荧光易位报告物(FTR)基因包含连接至特定报告物基因部分的靶基因部分；

g)在促使所述第一组表达构建体和所述第二组表达构建体以及所述表达载体转染进入活的测定细胞的条件下，将所述活的测定细胞添加至每个位点；以及

h)比较表达来自所述肿瘤的cDNA与表达其相应的野生型表达的cDNA的活的测定细胞中表达的FTR的至少一个属性；

其中，表达源自所述癌症患者的生物样品的cDNA与表达相应的野生型cDNA的活的测定细胞之间的不同结果，用于鉴定所述生物样品中作为候选的患者特定驱动突变物的cDNA。

2.如权利要求1所述的用途，其中所述荧光易位报告物(FTR)的属性选自荧光蛋白的定位和荧光蛋白的易位。

3.如权利要求2所述的用途，其中所述定位包括选自以下的亚细胞定位：细胞溶质、细胞核、核仁、质膜、内质网(ER)、线粒体、高尔基体、溶酶体、过氧化物酶体、内体区室和细胞骨架。

4.如权利要求1所述的用途，其中所述荧光易位报告物(FTR)的靶基因部分编码选自以下的蛋白：肿瘤抑制因子、细胞骨架蛋白、生长因子受体、G-蛋白偶联受体、细胞粘附蛋白、蛋白激酶、转录因子、衔接蛋白和交换因子。

5.如权利要求1所述的用途，其中所述荧光易位报告物(FTR)的报告物基因部分编码：绿色荧光蛋白(GFP)、mCherry、mApple、DsRed、红色荧光蛋白(RFP)、蓝色荧光蛋白(BFP)、EGFP、CFP、YFP、AmCyan1、ZsGreen1、ZsYellow1、DsRed2、AsRed2和HcRed1。

6.如权利要求1所述的用途，其中所述生物样品选自肿瘤细胞、肿瘤活检物、肿瘤组织和体液。

7.如权利要求1所述的用途，其中所述第一和/或第二组表达构建体包含双链线性DNA。

8.如权利要求1所述的用途，其中所述第一和/或第二组表达构建体的启动子是诱导型启动子。

9.如权利要求8所述的用途，所述步骤还包括对于所述可寻址阵列中的每个位点，诱导所述表达构建体和/或表达载体在被转染的细胞中的表达，以获得第一组来自所述肿瘤的cDNA和荧光易位报告物(FTR)的基因产物。

10.如权利要求1所述的用途，其中所述第一和/或第二组表达构建体的启动子是组成型启动子。

11.如权利要求1所述的用途，其中所扩增的cDNA的表达构建体还包含IRES和第二报告物基因。

12.如权利要求1所述的用途，所述步骤还包括在转染试剂的存在下，在固体支持体上干燥所述第一组表达构建体和所述第二组表达构建体。