[发明专利]来自红冬孢属和红酵母属的多核苷酸序列及其用途

说明书

本发明涉及分离的启动子和合成构建体的应用，其用于在选自柄锈菌亚门和黑粉菌亚门的物种，尤其是选自红冬孢属、红酵母属、Pseudozyma、黑粉菌属或掷孢酵母属的物种中有效产生遗传学修饰的细胞。

相关申请的交叉引用

本申请涉及并要求2013年3月14日提交的美国临时专利申请系列号61/782,832的权益。该申请通过引用并入本文。

序列提交

本申请和电子格式的序列表一起提交。所述序列表名为2577230PCTSequencListing.txt，创建于2014年2月18日且大小为39kb。该序列表的电子格式中的信息是本申请的一部分并且通过引用以其整体并入本文。

发明背景

本发明涉及真菌生物技术的领域，更具体涉及在柄锈菌(Pucciniomycotina)亚门和黑粉菌(Ustilaginomycotina)亚门物种中的强基因表达系统。

本文中用于说明发明背景的出版物和其它材料，以及尤其是针对实施提供额外细节的例子，通过引用并入，并且出于方便在下文通过作者和日期引用并在所附参考书目中以作者字母顺序列出。

柄锈菌是担子菌(Basidiomycota)门中的真菌亚门(Kirk et al.，2008)。其包括许多具有重要工业应用的物种。例如，红冬孢属(Rhodosporidium)和锁掷酵母属(Sporidiobolus)的许多物种，如类酵母红冬孢(Rhodosporidium toruloides)(也已知为纤细红酵母(Rhodotorula gracilis)、Rhodosporidium glutinis、胶粘红酵母(Rhodotorula glutinis)、小石川氏圆酵母(Torula koishikawensis)和Torularubescens)和赭色掷孢酵母(Sporobolomyces salmonicolor)，是能够高密度发酵的富油单细胞酵母(Hu et al.，2009；Meng et al.，2009)。这些物种具有作为产生长链烃类，例如三酰基甘油(TAG，或脂肪)、脂肪酸酯(生物柴油)、脂肪族醇类、醇类、内酯类、萜类化合物和维生素的宿主的极大潜能(Wu et al.，2010a；Wu et al.，2010b；Zhao et al.，2010a；Zhaoet al.，2010b)。在另一实例中，黑粉菌亚门中的物种，尤其是黑粉菌属(Ustilago)和Pseudozyma属，已知产生糖脂类，其可以作为表面活性剂或杀真菌剂(Hewald et al.，2005；Teichmann et al.，2010)。

能够驱动强基因表达(组成型或诱导型)的启动子，对于微生物的生物技术应用开发是关键的。WO 2012/169969，以其整体通过引用并入本文，描述了若干衍生自选定的真菌物种的磷酸甘油醛脱氢酶基因(GPD1)、翻译起始因子基因(TEF1)和假定的硬脂酰-CoA-Δ9-去饱和酶基因(FAD1)的多核苷酸序列，其能够充当柄锈菌亚门和黑粉菌亚门中基因表达的强启动子。由于重复使用相同或高度同源的启动子存在基因组不稳定性、重复诱导的点突变(RIP)或RNA沉默导致的染色质表观遗传修饰和遗传修饰的风险(Horns et al，2012)，对于罕有经功能验证的启动子的柄锈菌亚门和黑粉菌亚门而言，非常需要扩大的启动子库。