[发明专利]EGFR突变血液测试

说明书

提供了评价主体中的实体瘤癌症（例如NSCLC）状态的改良方法，其涉及在主体血液中的肿瘤相关突变检测，所述肿瘤相关突变例如在EGFR核酸序列中。本发明进一步提供了鉴定用于靶向药物疗法的候选非小细胞肺癌（NSCLC）患者的方法，其包括：检测来自患者的血液中一种或多种突变的表皮生长因子受体（EGFR）序列的存在或不存在；将NSCLC患者的转移状态评价为M1a或M1b；并且基于至少检测到的患者血液中的一种或多种突变EGFR序列的存在，以及患者中的NSCLC的转移状态，将患者鉴定为用于靶向药物疗法的候选者。

发明背景

影响各种细胞增殖途径的种系和体细胞突变可以影响患者中的癌症发展。例如，对具有此类突变的细胞赋予生长优势的体细胞突变的获得视为癌性肿瘤的出现和进展中的重要因素。因为许多此类突变得到鉴定，所以开发了靶向由突变基因编码的蛋白质的疗法，以及靶向其中涉及这些突变基因的信号传导途径的疗法。因为这些靶向疗法在临床实践内实现，所以发现对靶向疗法赋予抗性的突变在患者的癌性肿瘤中发展且累积，随着时间过去致使疗法无效且使得必须改变治疗过程。

其中体细胞肿瘤突变已知起重要作用的实体瘤癌症的一个实例是肺癌，其是许多国家包括美国中的癌症相关死亡率的主因。大约75%的肺癌病例属于非小细胞肺癌（NSCLC），其具有大约12%的总体5年存活率。标准手术治疗以及化学疗法和放射疗法在NSCLC领域中是可用的。然而，大多数NSCLC病例最初在不宜手术的晚期时被诊断，并且复发在手术、化学疗法、放射疗法及其他治疗后是常见的。相应地，NSCLC的治疗和诊断是有挑战性的医学问题。解决该问题的一种尝试是开发靶向药物疗法，其干扰表皮生长因子受体（EGFR）的信号传导。其为酪氨酸激酶的生长因子受体家族成员的EGFR，涉及与细胞分裂相关的信号传导途径，并且牵涉NSCLC发展和进展。

抑制EGFR的酪氨酸激酶活性的小分子药物埃罗替尼和吉非替尼得到评估且批准用于治疗晚期的NSCLC。然而，发现这些药物在大多数NSCLC患者中是无效的，但在其肿瘤含有体细胞EGFR突变的患者子集中最有效，所述体细胞EGFR突变导致EGFR的酪氨酸激酶活性中的增加。这类突变通常被称为“活化”。还发现了在NSCLC患者中导致对酪氨酸激酶抑制剂疗法抗性的体细胞EGFR突变。这类突变通常被称为“抗性”。在酪氨酸激酶抑制剂治疗过程期间，EGFR中的抗性突变在NSCLC患者中趋于上升。在不能通过酪氨酸激酶抑制剂疗法例如埃罗替尼和吉非替尼有效治疗的NSCLC的情况下，化学疗法或可能的其他靶向疗法可以用于延长存活。为了改善选择用于NSCLC患者的有效治疗的机率，因此重要的是测定患者的NSCLC肿瘤含有的体细胞EGFR突变对酪氨酸激酶抑制剂疗法是赋予敏感性还是抗性。

发明概述

本文描述的是评价患有实体瘤癌症的主体状态的改良方法，其包括检测患有实体瘤癌症的主体血液中的一种或多种肿瘤核酸突变的存在或不存在；并且基于检测到的一种或多种肿瘤核酸突变的存在或不存在，评价患有实体瘤癌症的主体的状态。改良方法可以涉及通过对血样或从血样中分离的总基因组DNA执行定量实时聚合酶链反应（PCR），检测一种或多种肿瘤核酸突变，其中所述血样得自患有实体瘤癌症的主体。本文还描述的是检测得自患有实体瘤癌症的主体的血样中的肿瘤突变的存在或不存在的改良方法，其包括使用对于突变的核酸序列特异性的引物，对血样执行定量实时聚合酶链反应（PCR），以生成PCR循环阈值。在本文描述的改良方法的一些实施方案中，考虑到患有实体瘤癌症的主体的转移状态，以便改善得自主体的血样中的突变肿瘤核酸序列的检测灵敏度。在一些其他实施方案中，得自患有实体瘤癌症的主体的血样中的一种或多种肿瘤核酸突变的存在或不存在的检测涉及：测定在血液中循环的突变序列的量，并且基于检测的量监控主体的癌症的状态。