[发明专利]用于诊断肺病的生物标记物及其使用方法

权利要求书

1.一种用于评估肺组织的计算机系统，该计算机系统包括：

a)中央计算环境；

b)输入装置，其与所述中央计算环境操作连接，其中所述输入装置接收对应于PDE7B、SULF1、FAM13C、ERRFI1、和CXCL2的基因表达产物在从患者获得的肺组织样品中的表达水平；

c)由所述中央计算环境执行的训练的算法，所述算法用于通过比较该表达水平值与参考表达水平值将该肺组织样品分类为特发性肺纤维化(IPF)或正常组织样品；和

d)输出装置，其与所述中央计算环境操作连接，其中所述输出装置提供关于所述分类的信息给用户。

2.权利要求1的计算机系统，其中IPF与选自下组的结缔组织疾病有关：系统性硬化症、多发性肌炎、系统性红斑狼疮，或类风湿性关节炎。

3.权利要求1的计算机系统，其中IPF是药物诱导的。

4.权利要求1的计算机系统，其中IPF是由病毒感染、细菌感染或肺结核导致的。

5.权利要求1的计算机系统，其中所述输出装置提供总结关于所述分类的信息的报告。

6.权利要求5的计算机系统，其中所述报告包括提供治疗IPF的建议。

7.权利要求1的计算机系统，其中该基因表达产物是mRNA。

8.权利要求1的计算机系统，其中所述中央计算环境通过比较基因表达产物的表达水平与至少2个不同系列生物标记物的基因表达数据生成所述基因表达产物的标准化的表达水平，每个系列生物标记物的基因表达数据包括与一种或多种组织类型存在相关联的一个或多个参考基因表达水平，其中所述表达水平与所述至少两个系列生物标记物的基因表达数据顺次进行比较。

9.权利要求8的计算机系统，其中通过所述中央计算环境的所述顺次比较结束于通过使用一个主要分类器(classifier)对所述表达水平进行分析而将所述表达水平与最终系列生物标记物的基因表达数据进行比较，所述主要分类器从来自一个或多个系列生物标记物的基因表达数据获得。

10.权利要求1的计算机系统，其中所述表达水平使用微阵列、基因表达系列分析、印迹(blotting)、逆转录聚合酶链式反应、测序或定量聚合酶链式反应来确定。

11.权利要求1的计算机系统，其中所述中央计算环境对所述表达水平相对于对应参考基因的RNA转录本的表达水平进行标准化。

12.权利要求1的计算机系统，其中所述基因表达水平对应于一个或多个选自下组的附加基因：NLRP2、HDAC9、CBLN4、CHRDL2、CEACAM1、IL12RB2、ITGB5、ZNF671、ITPKC、RCOR1、HAS3、SLC7A5、GYS1、PLEKHA4、TMEM59L、RUNDC3B、VIPR2、LARP4B、RASD1、ODAM、TSPAN11、LRRC31、SLC4A3、STAT1、CTH、CD274、EGR1、ZNF211、EDN3、ZFP36、GNAZ、LDLR、TNNI2、ARNTL、ADAMDEC1、TRAFD1、BAAT、GABBR2、TUBB2B、POU2F3、PLA2G12B、DUOX2、CYP1A1、CYP1A2、FTO、CRABP2、KCNN3、CSRNP1、SCD5、DDIT4L、SYT8、ZC3H12C、ANO4、SLC6A1、DGKI、TSPAN33、PDLIM5、KLF15、HRASLS5、TAP1、ZNF30、PPIC、CXCL11、HSD17B13、CALB2、ISG20、CXCR6、ZMAT3、EIF1、和NUPR1。