[发明专利]用于生物治疗蛋白质产品中的宿主细胞蛋白质污染物的检测的SWATHTM数据独立性采集技术

说明书

本发明提供用于使用循序窗口化采集串联质谱法检测蛋白质生物治疗产品中的宿主细胞污染物的系统及方法。通过以下步骤对蛋白质生物治疗产品样本执行循序窗口化采集：使前驱体质量窗口跨质量范围循序步进，使每一步进式前驱体质量窗口的经传输前驱体离子破碎，以及分析从所述破碎的经传输前驱体离子产生的产物离子。所述循序窗口化采集是在数据采集之前无任何有关污染蛋白质的信息的情况下执行，且针对所述质量范围产生每个经传输离子的每个产物离子的数据。接收一或多个所测量产物离子谱，且将所述一或多个所测量产物离子谱与宿主细胞蛋白质库进行比较。通过报告来自所述库的匹配所述一或多个所测量产物离子谱的宿主细胞蛋白质来检测一或多个宿主细胞污染物。

相关申请案的交叉参考

本申请案主张2013年6月5日提出申请的第61/831,582号美国临时专利申请案的权益，所述美国临时专利申请案的内容以全文引用的方式并入本文中。

背景技术

单克隆抗体(mAb)是用以治疗一系列人类疾病的面向目标的生物治疗药物。mAb通常在例如中国仓鼠卵巢(CHO)或其它细胞系等生物系统中生产。由于翻译后修饰(PTM)、序列变异体、降解产物及污染物(例如，宿主细胞蛋白质)引起的IgG蛋白质的异质性必须完全地经特性化以理解mAb产品的纯度、稳定性及效力，且避免免疫原性。

用于检测蛋白质生物治疗产品中的宿主细胞蛋白质污染物的当前方法(例如，非数据独立性采集(DIA)质谱方法、发现蛋白质组方法及多反应检测(MRM))严重依赖于二级试剂来对其进行检测。具体来说，通过将裂解液注射到兔子或其它小动物中来对宿主细胞进行裂解并形成多克隆抗体。然后在酶联免疫吸附测定法(ELISA)测定中使用此抗体来检测任何宿主细胞蛋白质是否在其于宿主细胞内部生长之后在蛋白质生物治疗药物旁边行进穿过纯化过程。此教条中的主要假设是兔子与人类将对注射到其血流中的任何宿主细胞蛋白质具有类似免疫响应。结果证明此假设并非总是对的，且许多生物制药公司正面临着来自在兔子中不产生反应但在人类患者中引起有问题响应的宿主细胞蛋白质的挑战。

发明内容

揭示一种用于使用循序窗口化采集串联质谱法检测蛋白质生物治疗产品中的宿主细胞污染物的系统。所述系统包含串联质谱仪及处理器。所述串联质谱仪通过以下步骤对蛋白质生物治疗产品样本执行循序窗口化采集：使前驱体质量窗口跨质量范围循序步进，使每一步进式前驱体质量窗口的经传输前驱体离子破碎，以及分析从所述破碎的经传输前驱体离子产生的产物离子。在数据采集之前无任何有关污染蛋白质的信息的情况下执行所述循序窗口化采集。所述循序窗口化采集针对所述质量范围产生多个产物离子谱。

所述处理器自所述串联质谱仪接收所述多个产物离子谱的一或多个所测量产物离子谱，将所述一或多个所测量产物离子谱与宿主细胞蛋白质库进行比较，以及通过报告来自所述库的匹配所述一或多个所测量产物离子谱的宿主细胞蛋白质来检测一或多个宿主细胞污染物。

揭示一种用于使用循序窗口化采集串联质谱法检测蛋白质生物治疗产品中的宿主细胞污染物的方法。使用串联质谱仪对蛋白质生物治疗产品样本执行循序窗口化采集。通过以下步骤执行所述循序窗口化采集：使前驱体质量窗口跨质量范围循序步进，使每一步进式前驱体质量窗口的经传输前驱体离子破碎，以及分析从破碎的经传输前驱体离子产生的产物离子。在数据采集之前无任何有关污染蛋白质的信息的情况下执行所述循序窗口化采集。所述循序窗口化采集针对质量范围产生多个产物离子谱。

使用处理器从串联质谱仪接收多个产物离子谱的一或多个所测量产物离子谱。使用处理器将一或多个所测量产物离子谱与宿主细胞蛋白质库进行比较。使用处理器通过报告来自库的匹配一或多个所测量产物离子谱的宿主细胞蛋白质来检测一或多个宿主细胞污染物。