[发明专利]使用纳米粒子辅助信号放大的RNA微芯片检测

权利要求书

1.一种检测样品中的RNA的方法，所述方法包含：

(a)使所述样品和探针阵列接触，其中所述探针阵列包含一个或多个嵌合探针，其中所述嵌合探针包含DNA区域和RNA区域，其中所述DNA区域和所述RNA区域相邻，其中所述DNA区域是所述RNA区域的5'，其中如果所述样品含有与所述嵌合探针中的至少一个的核苷酸序列互补的RNA分子，那么所述RNA分子将与所述互补嵌合探针杂交；

(b)使所述探针阵列和对RNA/DNA杂交体具有特异性的核糖核酸酶接触，其中与所述嵌合探针的所述DNA区域杂交的所述RNA分子的部分被降解；

(c)使所述探针阵列、标记核苷酸以及能够使用DNA模板延伸RNA链并且能够在来自所述RNA链的延伸物中并入所述标记核苷酸的核酸聚合酶接触，其中所述杂交RNA分子延伸形成延伸核酸链，其中至少一种标记核苷酸并入所述延伸核酸链中，其中所述标记核苷酸中的每一个包含第一标记；以及

(d)通过使所述探针阵列和标记缀合物接触来检测所述延伸核酸链中的所述标记核苷酸，其中所述标记缀合物包含特异性结合分子和第二标记，其中所述特异性结合分子与所述第一标记结合，其中通过检测所述第二标记来检测所述延伸核酸链中的所述标记核苷酸，其中通过使所述探针阵列和检测缀合物接触来检测所述第二标记，其中所述检测缀合物包含聚集体，并且其中所述聚集体介导所述标记缀合物上的检测缀合物的聚集，

其中在所述延伸核酸链中检测到所述标记核苷酸表示所述样品中的所述RNA分子的存在。

2.根据权利要求1所述的方法，其中检测缀合物与所述第二标记缔合或结合。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述第二标记介导或允许所述检测缀合物在所述标记缀合物上和所述标记缀合物处聚集。

4.根据权利要求1到3中任一权利要求所述的方法，其中所述检测缀合物包括或产生信号。

5.根据权利要求1到4中任一权利要求所述的方法，其中所述检测缀合物包括标记的多个拷贝。

6.根据权利要求1到5中任一权利要求所述的方法，其中多个检测缀合物与所述第二标记缔合或结合。

7.根据权利要求1到6中任一权利要求所述的方法，其中所述检测缀合物自聚集。

8.根据权利要求1到7中任一权利要求所述的方法，其中所述第一标记包含生物素，其中所述特异性结合分子包含抗生蛋白链菌素，其中所述第二标记包含金，并且其中所述聚集体包含银。

9.根据权利要求1到8中任一权利要求所述的方法，其中步骤(a)、(b)以及(c)同时进行。

10.根据权利要求1到9中任一权利要求所述的方法，其中所述标记缀合物包含与抗生蛋白链菌素缀合的金纳米粒子。

11.根据权利要求1到10中任一权利要求所述的方法，其中所述检测缀合物包含银纳米粒子。

12.根据权利要求1到11中任一权利要求所述的方法，其中所述核糖核酸酶是RNA酶H，并且其中所述核酸聚合酶是DNA聚合酶的克列诺片段。

13.根据权利要求1到12中任一权利要求所述的方法，其中所述探针阵列进一步包含固态基质，并且其中所述嵌合探针固定在所述固态基质上。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述探针阵列包含一个以上嵌合探针，其中各嵌合探针固定在所述固态基质的不同位置中，其中各嵌合探针具有不同核苷酸序列，其中各嵌合探针与不同RNA分子互补，其中检测到的所述延伸核酸链中的所述标记核苷酸在所述固态基质上的所述位置表示所检测的所述RNA分子的特性。

15.根据权利要求1到14中任一权利要求所述的方法，其中所述嵌合探针是经稳定的核酸。

16.根据权利要求15所述的方法，其中所述RNA区域由2'-O-甲基核苷酸构成。

17.根据权利要求1到16中任一权利要求所述的方法，其中所述嵌合探针中的一个或多个与病毒、细菌或微生物特有的核苷酸序列互补。

18.根据权利要求1到17中任一权利要求所述的方法，其中所述嵌合探针中的一个或多个进一步包含第二DNA区域，其中所述第二DNA区域是所述RNA区域的3'。