[发明专利]从含有少量靶标DNA的样品富集DNA测序文库

权利要求书

1.用于在溶液中捕获DNA分子的方法，其包括：

a)从包含内源性DNA和环境DNA的样品提取DNA以产生提取的DNA，其中所提取的DNA包含比内源性DNA更多的环境DNA；

b)将通用衔接子连接至所提取的DNA；

c)在溶液中将所提取的DNA与亲和标记的RNA探针杂交，所述亲和标记的RNA探针由以下步骤产生：在亲和标记的核糖核苷酸的存在下，体外转录已被连接至RNA启动子衔接子的片段化的参考基因组DNA的文库，其中所述杂交是在与所述通用衔接子互补的RNA寡核苷酸存在下进行的；

d)将步骤c)的产物与系到基底的捕获剂结合，从而将杂交的DNA分子捕获在所述基底上；

e)洗涤所述基底以去除任何未结合的DNA分子；和

f)使用RNA酶处理所述基底以同时(i)降解所述RNA寡核苷酸和(ii)通过降解所述RNA探针从支持物释放所捕获的DNA分子。

2.权利要求1的方法，其中所述样品是牙、骨、指甲、趾甲或毛发的样品。

3.权利要求1或2的方法，其中所述样品是临床、法医、考古学或环境样品。

4.权利要求1或2的方法，其中所述样品中的DNA是高度片段化的。

5.权利要求1或2的方法，其中片段化的参考基因组DNA包含选定的序列。

6.权利要求1或2的方法，其中所述片段化的参考基因组DNA富含非重复性序列。

7.权利要求1或2的方法，其中所提取的DNA包含的环境DNA为内源性DNA的至少10倍。

8.权利要求1或2的方法，其还包括在步骤f)之后扩增所捕获的DNA分子。

9.权利要求1或2的方法，其还包括在步骤f)之后对所捕获的DNA分子测序。

10.权利要求1或2的方法，其中杂交步骤c)通过PERT或osPERT完成。

11.权利要求1或2的方法，其中所述RNA启动子是T7启动子。

12.权利要求1或2的方法，其中所述基底包括磁珠。

13.权利要求1或2的方法，其中所述通用衔接子具有15至100个碱基的长度并被连接至所提取的DNA中DNA分子的两端。

14.权利要求1或2的方法，其中亲和标记是生物素部分并且所述捕获剂是链霉抗生物素蛋白或抗生物素蛋白。

15.权利要求1或2的方法，其中所述RNA寡核苷酸与所述通用衔接子的至少50％的序列互补。