[发明专利]用于确定对抗生素药物的细菌抗性的方法和系统

权利要求书

1.一种用于确定对抗生素药物的细菌抗性的方法，包括以下步 骤：

d)从样本获得细菌核酸序列；

e)比较来自所述样本的所述细菌核酸序列与参照核酸序列，其 中所述参照核酸序列与相应的抗生素药物抗性信息相关联；以及

f)基于步骤(b)中的所述比较确定对抗生素药物的细菌抗性。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述参照核酸序列被存储 在数据库中，并且其中步骤(b)包括查询所述数据库。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中步骤(b)包括：确 定来自所述样本的所述细菌核酸序列与所述参照核酸序列之间的相 似性。

4.根据权利要求3所述的方法，其中步骤(b)还包括：比较 来自所述样本的所述细菌核酸序列与多个参照核酸序列，并且确定 来自所述样本的所述细菌核酸序列与所述多个参照核酸序列中的每 个参照核酸序列的相似性。

5.根据权利要求4所述的方法，其中步骤(b)还包括：确定 所述多个参照核酸序列中的哪个参照核酸序列具有与来自所述样本 的所述细菌核酸序列最大的相似性，并且其中步骤(c)还包括：基 于与具有与来自所述样本的所述细菌核酸序列最大的相似性的所述 参照核酸序列相关联的抗生素药物抗性信息来确定对抗生素药物的 细菌抗性。

6.根据权利要求2-5中的任一项所述的方法，其中所述数据库 在远程位置处，并且从本地客户端被查询。

7.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其中在步骤(c) 之后，来自所述样本的所述细菌核酸序列被记录并且被存储为新的 参照核酸序列。

8.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其中所述细菌核 酸选自基因组序列、质粒序列和噬菌体序列的组。

9.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其中来自所述样 本的所述细菌核酸序列通过下一代测序方法而获得。

10.一种数据库，包括多个细菌参照核酸序列，其中至少一些 参照核酸序列与相应的抗生素药物抗性信息相关联。

11.根据权利要求10所述的数据库，其中至少一些参照核酸序 列与相应的临床数据信息相关联。

12.根据权利要求10或11所述的数据库，其中至少一些参照 核酸序列与相应的细菌来源信息相关联。

13.一种用于执行根据权利要求1-9中的任一项所述的方法的系 统，包括：

a)数据库，所述数据库已经存储了多个细菌参照核酸序列，其 中至少一些参照核酸序列与相应的抗生素药物抗性信息相关联；

b)用于接收从样本获得的细菌核酸序列信息的装置；

c)比较单元，用于比较从样本获得的所述细菌核酸序列信息与 所述多个细菌参照核酸序列；以及

d)用于基于由所述比较单元提供的比较信息来输出与对抗生素 药物的细菌抗性有关的信息的装置。

14.一种计算机程序产品，所述计算机程序产品可加载到可编 程计算机中，具有程序代码装置，当在所述计算机上执行所述计算 机程序产品时，所述程序代码装置用于执行根据权利要求1-9中的任 一项所述的方法。

15.根据权利要求14所述的计算机程序产品，包括：

a)用于接收从样本获得的细菌核酸序列信息的装置；

b)比较单元，用于比较从样本获得的所述细菌核酸序列信息与 所述多个细菌参照核酸序列；以及

c)用于基于由所述比较单元提供的比较信息来输出与对抗生素 药物的细菌抗性有关的信息的装置。