[发明专利]多核苷酸分析

权利要求书

1.一种重新表征整合入第二多核苷酸中的第一多核苷酸的方法，二者共同组成整合入宿主生物基因组的联合的多核苷酸,该方法包括：

以序列特异性方法标记第一多核苷酸，以提供第一多核苷酸上的序列特异性第一标记模式；以序列特异性方法标记第二多核苷酸，以提供在第二多核苷酸上的序列特异性第二标记模式，其中第一多核苷酸包括非来自宿主生物基因组的核酸序列，且标记的第一多核苷酸的核酸序列的来源未知；

标记后线性化该联合多核苷酸；

检测第一和第二多核苷酸上的序列特异性标记模式；

通过比对第一多核苷酸的标记模式特征与宿主基因组的参照模式，确定联合多核苷酸中的第一区域为包含非来自宿主基因组的第一多核苷酸，并过滤出与宿主基因组比对的模式；以及

表征靠近第一多核苷酸的第二多核苷酸的标记模式，以确定所述第一多核苷酸整合入宿主基因组的整合位置与方向。

2.权利要求1的方法，还包括确定与宿主基因组相关的第一多核苷酸的拷贝数。

3.权利要求1的方法，其中宿主基因组的参照模式包含电子参照。

4.权利要求1的方法，其中宿主基因组的参照模式以经标记分子或分子群的形式提供。

5.权利要求1的方法，其中第一多核苷酸包含至少一个单链DNA,单链RNA,双链DNA,或双链RNA。

6.权利要求1所述的方法，其中第一多核苷酸包含以下中的至少一个：病毒序列、细菌序列、线粒体序列、叶绿体序列、游离体序列、小染色体序列、转位因子序列或噬菌体序列。

7.权利要求1的方法，其中第二多核苷酸包含宿主生物的基因组序列。

8.权利要求7的方法，其中宿主生物包括人、非人哺乳动物、植物、或细菌。

9.权利要求1的方法，其中第二多核苷酸包含疾病状态的细胞的基因组序列。

10.权利要求9的方法，其中疾病状态包含癌症。

11.权利要求1的方法，进一步包括：

提供与宿主基因组关联的第三多核苷酸的至少一种序列特异性标记模式；

基于第一多核苷酸标记模式特征鉴定第三多核苷酸的至少一个区域内至少类似于第一多核苷酸的第三多核苷酸的区域；以及

基于所述第一多核苷酸的标记模式特征确定在所述第一多核苷酸和所述第三多核苷酸之间的系统发生关系。

12.权利要求11的方法，其中第三多核苷酸的序列特异性标记模式包括在参照序列上的计算机模拟模式。

13.权利要求11的方法，还包含；

用序列特异性方法标记第三多核苷酸，以提供第三多核苷酸上的序列特异性第三标记模式，其中第一标记、第二标记、和第三标记中的任何两种可能是相同或不同的；

标记后线性化第三多核苷酸；以及

检测第三多核苷酸的序列特异性标记模式。

14.权利要求11所述的方法，其中系统发生关系包含种间多核苷酸转移。

15.权利要求11所述的方法，其中系统发生关系包含横向DNA转移。

16.权利要求11的方法，还包括确定至少与第一多核苷酸类似的多个序列整合入宿主基因组的拷贝数和位置。

17.权利要求1的方法,其中第一多核苷酸在宿主基因组的至少一个整合位点是以计算机模拟形式提供的。

18.权利要求1所述的方法，其中线性化在至少一个纳米通道内执行。