[发明专利]用于遗传变异的非侵入性评估的方法和过程

权利要求书

1.一种非暂时性的计算机可读存储介质，其中包含指令，所述指令在被执行时令微处理器进行如下操作：

(a)访问映射至参照基因组的部份的核苷酸序列读数，其中序列读数是妊娠女性的测试样品的循环无细胞核酸的读数，其中，所述测试样品包含胎儿核酸片段和母本核酸片段，所述序列读数是胎儿核酸片段的读数和母本核酸片段的读数，所述部份选自离散基因组箱、具有预定长度的连续序列的基因组箱、可变大小箱、平滑的覆盖率图的基于点的视图及其组合；

(b)基于与各部份独立关联的加权因子，采用微处理器将(i)映射至各部份的序列读数的计数与转变为部份-特异的胎儿核酸分数，由此提供基于所述加权因子的所述测试样品的部份-特异的胎儿分数估值，

其中，所述各加权因子已从各部份的拟合相关性进行确定，所述拟合相关性为(i)训练组中多个样品各自的胎儿核酸分数，和(ii)多个样品的映射至各部份的序列读数的计数之间的拟合相关性；和

(c)基于所述部份-特异的胎儿分数估值评估所述测试样品的胎儿核酸分数。

2.如权利要求1所述非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，所述加权因子与全部常染色体和染色体X和Y的多个部份中的部份相关联。

3.如权利要求1所述非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，所述加权因子与多个部份中的部份相关联，所述多个部份不包括染色体Y中的部份。

4.如权利要求3所述的非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，所述加权因子与多个部份中的部份相关联，所述多个部份不包括染色体X和Y中的部份。

5.如权利要求1所述的非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，所述加权因子与多个部份中的部份相关联，所述多个部份包括常染色体中的部份或其子集。

6.如权利要求4或5所述的非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，所述加权因子与多个部份中的部份相关联，所述多个部份不包括染色体13、18和21中的部份。

7.如权利要求1所述的非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，所述转变和拟合相关性中的计数是标准化的计数。

8.如权利要求7所述的非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，所述标准化的计数相对于原始计数具有降低的鸟嘌呤-胞嘧啶(即GC)偏差。

9.如权利要求7或8所述的非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，所述标准化的计数是箱式标准化、GC含量标准化、线性最小二乘方回归、非线性最小二乘方回归、LOESS、GC LOESS、LOWESS、PERUN、重复遮蔽(即RM)、GC-标准化和重复遮蔽(即GCRM)、条件分位数标准化(即cQn)或其组合的产物。

10.如权利要求1所述的非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，估计所述测试样品的胎儿核酸分数包括：使所述部份-特异的胎儿分数估值平均化或加和。

11.如权利要求1所述的非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，各部份的加权因子与映射至训练组中多个样品的部份的来自循环无细胞(即CCF)胎儿核酸片段的读数的平均量成比例。

12.如权利要求1所述的非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，所述训练组中的多个样品来自具有整倍体胎儿的对象。

13.如权利要求1所述的非暂时性的计算机可读存储介质，其特征在于，所述训练组中的多个样品来自具有三倍体胎儿的对象。

14.如权利要求1所述的非暂时性的计算机可读存储介质，其中，所述训练组中的多个样品来自具有整倍体胎儿的对象并来自具有三体性胎儿的对象。