[发明专利]同时进行单体型分析和染色体非整倍性检测的方法和系统

权利要求书

1.一种对待测样本同时进行目标基因单体型分析和染色体非整倍性检测的方法，其特征在于，所述方法用于非诊断目的，包括步骤：

1)基于待测样本基因组的至少一部分，构建目标区域测序文库，其中，在所述构建目标区域测序文库的过程中，包括采用探针集进行筛选，所述探针集由多个预定探针构成，所述预定探针能够识别所述目标基因上下游的SNP和均匀分布于所述染色体的SNP；

2)对所述目标区域测序文库进行测序，以便获得测序结果；

3)将所述测序结果与参考序列比对，以便获得比对结果；

4)基于所述比对结果，确定待测样本的SNP信息；

5)基于所述待测样本的SNP信息，同时确定所述待测样本的目标基因单体型和染色体非整倍性信息，其中，

步骤5)包括：

预先或同时利用所述探针集构建与所述待测样本遗传相关的样本的目标区域测序文库，对遗传相关样本的目标区域测序文库进行测序，获得遗传相关样本的测序结果，将所述遗传相关样本的测序结果与参考序列进行比对，获得比对结果,基于所述比对结果，确定遗传相关样本的SNP信息，与目标样本遗传相关的样本包括待测样本的父本样本、待测样本的母本样本和与待测样本遗传自同样父母的第二样本；

基于所述遗传相关样本的SNP信息，确定待测样本的父本和母本样本的所述目标基因的单体型，基于所述父本、母本的目标基因单体型和待测样本的SNP信息，推断出待测样本的目标基因单体型；以及

基于比较任一遗传相关样本的SNP信息和待测样本的SNP信息的差异，检测待测样本染色体非整倍性，其中的任一遗传相关样本的SNP信息可以用k个参照样本的SNP信息替代，所述k个参照样本的SNP信息的获得是通过：预先或同时利用所述探针集构建所述k个参照样本的目标区域测序文库，对所述k个参照样本的目标区域文库进行测序，获得k个参照样本的测序结果，将所述k个参照样本的测序结果与参考序列进行比对，获得比对结果，基于所述比对结果确定k个参照样本的SNP信息，其中，k为自然数；

所述基于比较k个参照样本的SNP信息和待测样本的SNP信息的差异检测待测样本染色体非整倍性，是通过比较待测样本的SNP的测序深度和所述k个参照样本的同一位置的平均测序深度是否有显著性差异，来判断待测样本是否存在染色体非整倍性的。

2.权利要求1所述的方法，其特征在于，所述待测样本包含的核酸不少于一个细胞的DNA含量。

3.权利要求1所述的方法，其特征在于，所述探针集能够识别所述目标基因。

4.权利要求1所述的方法，其特征在于，所述探针集是通过下列步骤确定的：

基于参考序列，选择所述目标基因上下游SNP以及均匀分布于染色体的SNP，获得目标SNP集；

基于所述目标SNP集中的每个SNP在参考序列上的位置，在参考序列上截取一段包含所述目标SNP集中的至少一个SNP的序列作为一条预定探针，获得所述探针集，其中，所述预定探针不长于一个目标区域测序文库的大小。

5.权利要求4所述的方法，其特征在于，一条所述预定探针中包含一个SNP，并且所述SNP位于所述预定探针的中点。

6.权利要求4所述的方法，其特征在于，所述一个目标区域测序文库大小为100-1000bp。

7.权利要求1所述的方法，其特征在于，所述探针长度为20-200nt。

8.权利要求7所述的方法，其特征在于，所述探针长度为60-80nt。

9.权利要求1所述的方法，其特征在于，所述目标基因上下游的SNP，为目标基因上下游各不大于2M范围内的SNP。

10.权利要求9所述的方法，其特征在于，为目标基因上下游各1M范围内的SNP。

11.权利要求1所述的方法，其特征在于，所述目标基因上下游的和均匀分布于染色体的SNP在群体中的频率大于等于0.3。