[发明专利]DNA测序和表观基因组分析

权利要求书

1.一种测序方法，其包括

将DNA分子的多个拷贝固定在表面上；

拉伸固定的DNA分子的至少部分；和

对固定的、拉伸的DNA分子的至少部分测序或作图，

其中测序固定的、拉伸的DNA分子包括：

变性固定的、拉伸的DNA分子的至少部分；和

使多个探针与所述拉伸的DNA分子的变性位点的至少部分杂交，其中每个探针包含：

至少5个与所述拉伸的DNA分子变性位点的一条链的至少5个核苷酸互补的核苷酸；和

鉴定固定的DNA上的探针的独特的标签或条码；

确定固定的DNA分子上的标签或条码标记的探针位置。

2.权利要求1的方法，其中所述标签或条码使用具有DNA折纸（DNA origami）的SBL读出。

3.权利要求1的方法，其中所述标签或条码使用SBS读出。

4.权利要求1的方法，其中所述标签或条码使用杂交读出。

5.权利要求1-4中任一项的方法，其进一步包括从所述探针合成DNA，其中所述合成DNA与该探针所杂交的拉伸的DNA的链互补，从而创建多个延长的探针。

6.权利要求5的方法，其中所述标签进一步鉴定与携带所述标签的探针杂交的拉伸的DNA分子的变性位点部分所对应的位置。

7.权利要求6的方法，其中一个探针的位置是相对于第二个探针的位置。

8.权利要求5的方法，其中从多个探针合成的DNA产生重叠的多核苷酸序列。

9.权利要求5的方法，其进一步包括从所述拉伸的DNA移除所述延长的探针。

10.权利要求5的方法，其进一步包括测定所述多个延长探针的合成DNA的多核苷酸序列和所述标签或所述条码。

11.权利要求5的方法，其进一步包括使用所述标签和重叠的多核苷酸序列组装与所述拉伸的DNA分子变性位点的链互补的多核苷酸序列。

12.权利要求5的方法，其进一步包括使用所述标签和非重叠的多核苷酸序列组装与所述拉伸的DNA分子变性位点的链互补的多核苷酸序列。

13.权利要求1的方法，其进一步包括探针检测固定的DNA的表观遗传修饰。

14.权利要求13的方法，其中探针检测固定的DNA的表观遗传修饰包括使用特异性结合该表观遗传修饰的抗体。

15.权利要求13的方法，其中探针检测固定的DNA的表观遗传修饰包括使用特异性识别该表观遗传修饰的化学探针。

16.权利要求13的方法，其中探针检测固定的DNA的表观遗传修饰包括使用特异性识别该表观遗传修饰的肽探针。

17.权利要求13的方法，其中探针检测固定的DNA的表观遗传修饰包括使用特异性识别该表观遗传修饰的经工程改造的探针。