[发明专利]由可再生资源生产化合物的高产路线

权利要求书

1.一种非天然存在的微生物有机体，包括至少一种编码来自于下列酶组的酶的外源核酸，所述酶组为己二酸途径酶、6-氨基己酸途径酶、ε-己内酰胺途径酶、6-羟基己酸途径酶、己内酯途径酶、1,6-己二醇途径酶、HMDA途径酶、1-己醇途径酶或3-氧代-丙酸途径酶的组。

2.一种微生物有机体，包括选自2A的至少一种酶，其中，2A为4-羟基-2-氧代-己二酸醛缩酶、4,6-二羟基-2-氧代-己酸醛缩酶或6-氨基-4-羟基-2-氧代-己酸醛缩酶。

3.一种非天然存在的微生物有机体，包括至少一种编码选自2A、以及2B、3B1、3B2中的一种以上的己二酸途径酶的外源核酸，其中，2A为4-羟基-2-氧代-己二酸醛缩酶、4,6-二羟基-2-氧代-己酸醛缩酶或6-氨基-4-羟基-2-氧代-己酸醛缩酶，2B为4-羟基-2-氧代-己二酸脱水酶、4,6-二羟基-2-氧代-己酸4-脱水酶或6-氨基-4-羟基-2-氧代-己酸脱水酶，3B1为4-羟基-2-氧代-己二酸2-还原酶、4,6-二羟基-2-氧代-己酸2-还原酶或6-氨基-4-羟基-2-氧代-己酸2-还原酶，并且3B2为4-羟基-2-氧代-己二酸4-脱氢酶、4,6-二羟基-2-氧代-己酸4-脱氢酶或6-氨基-4-羟基-2-氧代-己酸4-脱氢酶。

4.根据权利要求3所述的有机体，进一步包括选自2C、3G1、3C2、3C3中的一种以上的己二酸途径酶，其中，2C为3,4-脱氢-2-氧代-己二酸3-还原酶、6-羟基-3,4-脱氢-2-氧代己酸3-还原酶或6-氨基-3,4-脱氢-2-氧代己酸3-还原酶，3G1为2,4-二羟基己二酸CoA-转移酶或2,4-二羟基己二酸-CoA连接酶、2,4,6-三羟基己酸CoA-转移酶或2,4,6-三羟基己酸-CoA连接酶、或者6-氨基-2,4-二羟基己酸CoA-转移酶或6-氨基-2,4-二羟基己酸-CoA连接酶，3C2为2,4-二羟基己二酸4-脱氢酶、2,4,6-三羟基己酸4-脱氢酶或6-氨基-2,4-二羟基己酸4-脱氢酶，并且3C3为2,4-二氧代己二酸2-还原酶、6-羟基-2,4-二氧代己酸2-还原酶或6-氨基-2,4-二氧代己酸2-还原酶。

5.根据权利要求4所述的有机体，进一步包括2J、2G、3E1、3E2、4E3、4E4、3K2、3K1、4F4、3N、2D、3L2、3L1、3F2、3F1、4A1、4A2、4A3、4A4、4A5、3C1、4B1、4B4、4B5、4B6、4B7、4F1、4F2、4F3、4F5、2E、3G2、3G5、2I、3M、3H、2F、3D3、3D2、3D1、4D3、4D4、4D5、4G1、4G2、4G3、4G4和4G5中的一种以上、或者两种以上、或者三种以上、或者四种以上、或者五种以上、或者六种以上、或者七种以上、或者八种以上、或者九种以上，其中，2J为4,5-脱氢-2-羟基-己二酰-CoA4,5-还原酶，2G为2,3-脱氢-己二酰-CoA2,3-还原酶、6-羟基-2,3-脱氢-己酰-CoA2,3-还原酶或6-氨基-2,3-脱氢-己酰-CoA2,3-还原酶，3E1为2,3-脱氢-4-氧代己二酰-CoA2,3-还原酶、6-羟基-2,3-脱氢-4-氧代己酰-CoA2,3-还原酶或6-氨基-2,3-脱氢-4-氧代己酰-CoA2,3-还原酶，3E2为2,3-脱氢-4-氧代己二酸2,3-还原酶、6-羟基-2,3-脱氢-4-氧代己酸2,3-还原酶或6-氨基-2,3-脱氢-4-氧代己酸2,3-还原酶，4E3为4,5-脱氢己二酰-CoA4,5-还原酶，4E4为4,5-脱氢-6-氧代己酰-CoA4,5-还原酶，3K2为2,3-脱氢-4-羟基己二酸2,3-还原酶、4,6-二羟基-2,3-脱氢己酸2,3-还原酶或6-氨基-2,3-脱氢-4-羟基己酸2,3-还原酶，3K1为2,3-脱氢-4-羟基己二酰-CoA2,3-还原酶、4,6-二羟基-2,3-脱氢己酰-CoA2,3-还原酶或6-氨基-2,3-脱氢-4-羟基己酰-CoA2,3-还原酶，4F4为4,5-脱氢-6-氧代己酸4,5-还原酶，3N为2-氧代己二酰-CoA2-还原酶、6-羟基-2-氧代己酰-CoA2-还原酶或6-氨基-2-氧代己酰-CoA2-还原酶，2D为2-氧代己二酸2-还原酶、6-羟基-2氧代己酸2-还原酶或6-氨基-2-氧代己酸2-还原酶，3L2为2,3-脱氢-4-氧代己二酸4-还原酶、6-羟基-2,3-脱氢-4-氧代己酸4-还原酶或6-氨基-2,3-脱氢-4-氧代己酸4-还原酶，3L1为2,3-脱氢-4-氧代己二酰-CoA4-还原酶、6-羟基-2,3-脱氢-4-氧代己酰-CoA4-还原酶或6-氨基-2,3-脱氢-4-氧代己酰-CoA4-还原酶，3F2为4-氧代己二酸4-还原酶、6-羟基-4-氧代己酸4-还原酶或6-氨基-4-氧代己酸4-还原酶，3F1为4-氧代己二酰-CoA3-还原酶、6-羟基-4-氧代己酰-CoA4-还原酶或6-氨基-4-氧代己酰-CoA4-还原酶，4A1为4,6-二羟基-2,3-脱氢己酰-CoA6-脱氢酶，4A2为4,6-二羟基己酰-CoA6-脱氢酶，4A3为6-羟基己酰-CoA6-脱氢酶，4A4为6-羟基己酸6-脱氢酶，4A5为4,6-二羟基己酸6-脱氢酶，3C1为2,4-二羟基己二酰-CoA4-脱氢酶、2,4,6-三羟基己酰-CoA4-脱氢酶或6-氨基-2,4-二羟基己酰-CoA4-脱氢酶，4B1为4-羟基-2,3-脱氢-6-氧代己酰-CoA6-脱氢酶，4B4为4-羟基-6-氧代己酰-CoA6-脱氢酶，4B5为4,5-脱氢-6-氧代己酰-CoA6-脱氢酶，4B6为6-氧代己酰-CoA6-脱氢酶，4B7为6-氧代己酸6-脱氢酶，4F1为己二酰-CoA转移酶、己二酰-CoA水解酶或己二酰-CoA连接酶，4F2为6-氧代己酰-CoA转移酶、6-氧代己酰-CoA水解酶或6-氧代己酰-CoA连接酶，4F3为6-羟基己酰-CoA转移酶、6-羟基己酰-CoA水解酶或6-羟基己酰-CoA连接酶，4F5为6-氨基己酰-CoA转移酶、6-氨基己酰-CoA水解酶或6-氨基己酰-CoA连接酶，2E为2-羟基-己二酸CoA-转移酶或2-羟基己二酸-CoA连接酶、2,6-二羟基-己酸CoA-转移酶或2,6-二羟基-己酸-CoA连接酶、6-氨基-2-羟基己酸CoA-转移酶或6-氨基-2-羟基己酸-CoA连接酶，3G2为2-羟基-4氧代己二酸CoA-转移酶或2-羟基-4氧代己二酸-CoA连接酶、2,6-二羟基-4氧代己酸CoA–转移酶或2,6-二羟基-4氧代己酸-CoA连接酶、或6-氨基-2-羟基-4氧代己酸CoA–转移酶或6-氨基-2-羟基-4氧代己酸-CoA连接酶，3G5为4-羟基己二酸CoA-转移酶或4-羟基己二酸-CoA连接酶、4,6-二羟基己酸CoA-转移酶或4,6-二羟基己酸-CoA连接酶、或6-氨基-4-羟基己酸CoA-转移酶或6-氨基-4-羟基己酸-CoA连接酶，2I为2,4-二羟基己二酰-CoA4-脱水酶(4,5-脱氢型)，3M为2,4-二羟基己二酰-CoA4-脱水酶(2,3-脱氢型)、2,4,6-三羟基己酰-CoA4-脱水酶(2,3-脱氢型)、或6-氨基-2,4-二羟基己酰-CoA4-脱水酶(2,3-脱氢型)，3H为4-羟基己二酰-CoA4-脱水酶(2,3-脱氢型)、4,6-二羟基己酰-CoA4-脱水酶(2,3-脱氢型)或6-氨基-4-羟基己酰-CoA4-脱水酶(2,3-脱氢型)，2F为2-羟基-己二酰-CoA2-脱水酶、2,6-二羟基-己酰-CoA2-脱水酶或6-氨基-2-羟基-己酰-CoA2-脱水酶，3D3为2,4-二羟基己二酰-CoA2-脱水酶、2,4,6-三羟基己酰-CoA2-脱水酶或6-氨基-2,4-二羟基己酰-CoA2-脱水酶，3D2为2-羟基-4氧代己二酸2-脱水酶、2,6-二羟基-4氧代己酸2-脱水酶或6-氨基-2-羟基-4氧代己酸2-脱水酶，3D1为2-羟基-4氧代己二酰-CoA2-脱水酶、2,6-二羟基-4氧代己酰-CoA2-脱水酶或6-氨基-2-羟基-4氧代己酰-CoA2-脱水酶，4D3为4-羟基-己二酰-CoA4-脱水酶(4,5-脱氢型)，4D4为4-羟基-6氧代己酰-CoA4-脱水酶(4,5-脱氢型)，4D5为4-羟基-6氧代己酸4-脱水酶(4,5-脱氢型)，4G1为6-氨基己酰-CoA转氨酶或6-氨基己酰-CoA脱氢酶(脱氨基)，4G2为6-氨基己酸转氨酶或6-氨基己酸脱氢酶(脱氨基)，4G3为6-氨基-4-羟基己酰-CoA转氨酶或6-氨基-4-羟基己酰-CoA脱氢酶(脱氨基)，4G4为6-氨基-4-羟基-2,3-脱氢己酰-CoA转氨酶或6-氨基-4-羟基-2,3-脱氢己酰-CoA脱氢酶(脱氨基)，并且4G5为6-氨基-4-羟基己酸转氨酶或6-氨基-4-羟基己酸脱氢酶(脱氨基)。