[发明专利]用于从混合物富集突变核酸的方法

说明书

由于非常过量的野生型DNA的同时存在，从生物样品检测罕见体细胞突变的存在经常是挑战性的。本发明描述了通过排除可扩增的野生型DNA而允许富集突变型DNA的方法。

发明领域

本发明涉及核酸化学和核酸扩增的领域。具体地，本发明涉及使用可以检测核酸中的碱基对错配的化合物和方法富集低丰度突变型目标核酸。

发明背景

已知大多数人遗传疾病和癌症由核基因中的突变造成。通常，认为突变是遗传基因座处的特定多态变体。所述突变可以是单个核苷酸差异，经常被称作点突变。在细胞和组织水平，在特定遗传基因座处的多态性可以导致显著改变的细胞行为。然而，因为甚至相对小的细胞或组织样品可以含有数百万或数十亿含有该特定遗传基因座的DNA分子，在遗传基因座处的多态变体的范围和频率的表示需要检测潜在地以非常低频率存在的等位基因。在大多数情况下，由于非常过量的野生型DNA的同时存在，来自生物样品的罕见突变的存在的检测提出了巨大的挑战。

因此，本领域中需要选择性和准确地富集低拷贝突变型DNA的方法，使得它们的存在在进行扩增反应(诸如PCR)之后可以是可检测的。

发明概述

本发明涉及用于富集样品中的低丰度等位基因(例如突变型DNA)的方法，所述样品允许随后检测这样的等位基因。在第一方面，本发明涉及从样品富集核酸混合物中的目标核酸的变体的方法，所述目标核酸以两种变体序列的形式存在，其中所述变体在单个核苷酸位置处不同，所述方法包括，提供包括所述目标核酸的样品，其中待富集的变体在大量过量的其它变体中以低丰度存在于所述样品中；以对于所述目标核酸摩尔过量的浓度提供与所述目标核酸的一条链互补的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸与亲和标记附接且在所述单个核苷酸位置处与待富集的变体完全匹配且在所述单个核苷酸位置处与其它变体具有错配；提供适合于所述寡核苷酸与所述目标核酸杂交的条件，以生成由所述寡核苷酸和所述目标核酸的任一种变体的一条链组成的双链体多核苷酸；使所述双链体多核苷酸与优先仅结合至含有错配的双链体多核苷酸的错配嵌入化合物接触，其中所述化合物进一步能够用光催化在所述错配位点处切割所述双链体多核苷酸的一条链；使所述双链体多核苷酸经受光，导致产生切割和未切割的双链体多核苷酸两者；将切割和未切割的双链体多核苷酸两者应用于亲和基质，所述亲和基质识别并结合至所述寡核苷酸上的亲和标记；提供仅切割的双链体多核苷酸变性的条件并从所述亲和基质移除变性的单链；且在使未切割的多核苷酸双链体变性的条件下提供缓冲液；并收集含有富集的目标核酸的变体的一条链的缓冲液。在一个实施方案中，所述错配嵌入化合物是Rh(bpy)₂(chrysi)³⁺或Rh(bpy)₂(phzi)³⁺或它们各自的类似物。在另一个实施方案中，本发明涉及扩增并检测富集的目标核酸的变体的进一步步骤。