[发明专利]分离对癌症特异性突变具有抗原特异性的T细胞受体的方法

权利要求书

1.分离对由癌症特异性突变编码的突变的氨基酸序列具有抗原特异性的T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分的方法，所述方法包括：

鉴定患者癌细胞的核酸中的一个或多个基因，每个基因含有编码突变的氨基酸序列的癌症特异性突变；

诱导患者的自体抗原呈递细胞(APC)以呈递突变的氨基酸序列；

将患者的自体T细胞与呈递突变的氨基酸序列的自体APC共培养；

选择(a)与呈递突变的氨基酸序列的自体APC共培养，并且(b)对在患者表达的主要组织相容性复合体(MHC)分子的环境下所呈递的突变的氨基酸序列具有抗原特异性的自体T细胞；和

从所选的自体T细胞中分离编码TCR或其抗原结合部分的核苷酸序列，其中所述TCR或其抗原结合部分对由癌症特异性突变编码的突变的氨基酸序列具有抗原特异性。

2.如权利要求1所述的方法，其中诱导所述患者的自体APC以呈递所述突变的氨基酸序列，包括用包含所述突变的氨基酸序列的肽或肽库对APC进行脉冲，所述库中的各个肽包含不同的突变的氨基酸序列。

3.如权利要求1所述的方法，其中诱导所述患者的自体APC以呈递所述突变的氨基酸序列，包括将编码所述突变的氨基酸序列的核苷酸序列引入到所述APC。

4.如权利要求3所述的方法，其中引入到自体APC的所述核苷酸序列是串联小基因(TMG)构建体，每个小基因包含不同的基因，每个基因包含编码突变的氨基酸序列的癌症特异性突变。

5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其还包括从所述患者获得肿瘤的多个碎块，将来自所述多个碎块中的每一个的自体T细胞分别与呈递所述突变的氨基酸序列的自体APC共培养，并且分别评估来自所述多个碎块中的每一个的T细胞对突变的氨基酸序列的抗原特异性。

6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中选择对突变的氨基酸序列具有抗原特异性的自体T细胞，包括选择性培育对突变的氨基酸序列具有抗原特异性的自体T细胞。

7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中选择对突变的氨基酸序列具有抗原特异性的自体T细胞，包括选择表达以下的任一种或多种的T细胞：程序性细胞死亡因子1(PD-1)、淋巴细胞活化基因3(LAG-3)、T细胞免疫球蛋白和粘蛋白结构域-3(TIM-3)、4-1BB、OX40和CD107a。

8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中选择对突变的氨基酸序列具有抗原特异性的自体T细胞，包括选择这样的T细胞：(i)相比由阴性对照分泌的一种或多种细胞因子的量，在与呈递所述突变的氨基酸序列的APC共培养时分泌更多量的一种或多种细胞因子，或者(ii)其中相比分泌一种或多种细胞因子的阴性对照T细胞的数量，在与呈递所述突变的氨基酸序列的APC共培养时至少两倍数量的T细胞分泌一种或多种细胞因子。

9.如权利要求8所述的方法，其中所述一种或多种细胞因子包括：干扰素(IFN)-γ、白细胞介素(IL)-2、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、粒细胞/单核细胞集落刺激因子(GM-CSF)、IL-4、IL-5、IL-9、IL-10、IL-17和IL-22。

10.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中鉴定癌细胞的核酸中的一个或多个基因，包括对所述癌细胞的全外显子组、全基因组或全转录组进行测序。

11.制备对由癌症特异性突变编码的突变的氨基酸序列具有抗原特异性的表达TCR或其抗原结合部分的细胞群的方法，所述方法包括：

根据权利要求1-10中任一项所述的方法分离TCR或其抗原结合部分，和

将编码分离的TCR或其抗原结合部分的核苷酸序列引入到外周血单核细胞(PBMC)以获得表达所述TCR或其抗原结合部分的细胞。

12.如权利要求11所述的方法，其还包括扩增表达所述TCR或其抗原结合部分的PBMC的数量。

13.根据权利要求1-10中任一项所述的方法分离的TCR或其抗原结合部分。

14.根据权利要求11或12制备的分离的细胞群。

15.药物组合物，其包含：(a)权利要求13所述的TCR或其抗原结合部分或(b)权利要求14所述的分离的T细胞群以及药学上可接受的载体。