[发明专利]ALK基因重排检测探针、试剂盒以及方法

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及ALK基因重排检测探针、试剂盒以及方法。

背景技术

ALK基因编码的间变性淋巴瘤激酶(anaplasticlymphoma kinase，ALK)首先发现于间变性大细胞淋巴瘤中，是靶向治疗的重要靶标之一。ALK基因位于2号染色体上(位置为2p23)，长度为728kb，全长cDNA含有29个外显子,全长ALK蛋白含有1620个氨基酸，分子量为177千道尔顿(kDa),254个氨基酸激酶结构域由1123至1376位氨基酸残基组成，在此之前是一个由氨基酸组成的短跨膜区。ALK基因重排的断裂点位于外显子19和20之间，ALK基因发生重排后多具有生物学功能，其表达产物为嵌合酪氨酸激酶，通过Coiled Coil结构域形成多聚体，引起组成性的ALK激活，ALK信号可通过激活RAS-MEK-ERK,JAK3-STAT3和PI3K-AKT等下游信号通路持续地促进细胞增殖，导致肿瘤的产生和转移。

临床研究表明，针对ALK基因开发的靶向药物克唑替尼，对于ALK基因重排阳性的NSCLC患者，表现出显著的治疗活性，并可延长患者的生存期。目前，克唑替尼已获得国家食品药品监督管理总局(CFDA)的批准，在中国用于治疗间变性淋巴瘤激酶(ALK)阳性的NSCLC患者。因此，与克唑替尼治疗配套的ALK基因重排检测具有明确的临床意义与检测必要性。

常用的ALK基因重排检测方法分为以下三种：荧光原位杂交(FISH)技术、免疫组织化学(IHC)和基于PCR的方法(包括qRT-PCR、RACE-PCR或特异性RT-PCR联合测序技术)。但上述技术尚存在一些不足，如荧光原位杂交探针主要使用人工染色体制备，由于在人工染色体中重复序列在整个基因组中不断出现，从而导致非特异性的荧光信号，大大降低了FISH检测的特异性和灵敏度；常规IHC的阳性标准判定尚未统一；RT-PCR法检测ALK融合基因虽然快速、简便易行、能同时明确ALK已知的融合变体的类型，但无法检测未知的融合型是其最大的不足之处。

发明内容

本发明的目的之一是ALK基因重排检测试剂盒，该检测试剂盒可用于高特异性和高准确性检测ALK基因重排的情况。

实现上述目的的技术方案如下：

ALK基因重排检测试剂盒，包括有标记荧光染料的、针对断裂点上游的第一组探针和针对断裂点下游的第二组探针，所述第一组探针为选自SEQ ID NO.41—SEQ ID NO.50中的至少一条探针，所述第二组探针为选自SEQ ID NO.51—SEQ ID NO.60中的至少一条探针；上述两组探针所标记的荧光染料颜色不一样。

在其中一个实施例中，所述第一组探针为选自SEQ ID NO.41—SEQ ID NO.50中的至少五条探针，所述第二组探针为选自SEQ ID NO.51—SEQ ID NO.60中的至少五条探针。

在其中一个实施例中，所述第一组探针为选自SEQ ID NO.41—SEQ ID NO.50中的至少八条探针，所述第二组探针为选自SEQ ID NO.51—SEQ ID NO.60中的至少八条探针。

在其中一个实施例中，所述第一组探针为SEQ ID NO.41—SEQ ID NO.50，所述第二组探针为SEQ ID NO.51—SEQ ID NO.60。

在其中一个实施例中，所述SEQ ID NO.41—SEQ ID NO.50依次分别由以下引物扩增制备得到：SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6、SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12、SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16、SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18、SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20。