[发明专利]一种影响猪脂肪沉积性状的SNP及其应用

说明书

本发明涉及生物技术辅助遗传改良领域，特别涉及一种影响猪脂肪沉积性状的SNP。所述SNP标记为10.2版本国际猪基因组的X号染色体上的从5’端起的第104772170位点的核苷酸，所述核苷酸对应于SEQ ID NO:1上的从5’端起的第93位点的核苷酸，且该位点的所述核苷酸为Y1；和/或所述SNP标记位于10.2版本国际猪基因组的X号染色体上的从5’端起的第104772205位点的核苷酸，所述核苷酸对应于SEQ ID NO:1上的从5’端起的第128位点的核苷酸，且该位点的所述核苷酸为Y2；其中，所述Y1、Y2独立地选自T或C。

技术领域

本发明涉及生物技术辅助遗传改良领域，特别涉及一种影响猪脂肪沉积性状的SNP。

背景技术

脂肪沉积性状是猪生产和育种中最为重要的经济性状指标之一。猪皮下脂肪的含量，如背膘厚度，主要决定胴体品质；而肌内脂肪含量(IMF)主要影响猪肉的嫩度、多汁性及加工后的风味等肉质特征。猪脂肪沉积受到品种(遗传)和环境两大因素的影响。总体而言，中国地方猪品种往往具有较强的脂肪沉积能力，表现在猪胴体脂肪含量高、肌内脂肪含量多，但生长速度缓慢、饲料转化效率低；而国外引进品种由于受到长时间的选育，已经成功降低了背膘厚度，提高了胴体瘦肉率，但猪肉品质有所下降，比如肌内脂肪含量偏低(<1.5％)，且易产生劣质的PSE肉(肉色苍白、松软、渗水)。因此，不论国外引进品种还是中国地方品种，其脂肪沉积性状仍亟需改良。

猪脂肪沉积性状属数量性状，受多基因控制。目前，国内外研究小组在猪不同染色体上定位了大量影响猪脂肪沉积相关性状的数量性状位点(QTL；详见猪QTL数据库PigQTLdb,http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/index)。其中，猪X号染色体(SSCX)近着丝粒区域存在一主效QTL，它可显著影响猪脂肪沉积、胴体和肉质等性状(Mammalian Genome,2007,18:1-4；BMC genetics,2013,14:46)。该QTL效应曾在多个以西方商业猪种和中国地方品种太湖猪(包括二花脸、梅山和枫泾猪)为祖代建立的资源家系中被重复验证。

背膘厚(皮下组织脂肪含量)和肌内脂肪含量是两个具有中等以上强度相关的脂肪沉积性状，单纯从表型上难以将两者分别进行选择。如果能够鉴别这些基因位点，并辨别出它们影响相关表型程度之间的差异性，则可开发出用于某一表型特异性选择的分子标记及相应检测技术，准确改良该表型；比如，瘦肉型猪育种目标之一就是希望采用标记辅助选择技术，在保持背膘厚不变的前提下，适当提高肌内脂肪含量。然而，目前尚缺少有育种价值的与脂肪沉积相关的分子标记，更缺少能针对不同脂肪沉积性状选择的分子标记，这是当前畜牧学、遗传学及育种学研究的热点和难点之一。

因此，开发和利用与上述两种脂肪沉积性状有特异性关联的分子标记进行选种，可克服基于表型选择的局限性，以准确改良猪的指定部位的脂肪沉积性状。

发明内容

本研究前期通过白色杜洛克×二花脸资源家系全基因组扫描和连锁分析，将影响猪脂肪沉积性状的QTL定位于X染色体上微卫星标记SW2456和SW1522之间，并在区域内搜寻到ACSL4、SERPINA7(TBG)、IRS4等几个重要的位置候选基因。在此基础上，本发明采用DNA测序后的比较分析和PCR-RFLP相结合的方法，对猪的QTL置信区间内的基因进行了单核苷酸多态位点(SNPs)筛选，最终在IRS4基因外显子区域筛选到与猪脂肪沉积性状相关SNPs，并在白色杜洛克×二花脸资源家系F2群体、苏太猪(杜洛克和二花脸杂交18代以上的培育品种)中分析该基因多态性与多个表型的相关性，鉴别出特异地与猪不同脂肪沉积性状相关联的分子标记，为今后猪育种的标记辅助选择提供新的检测方法。