[发明专利]一种同时分析人基因组DNA 27个基因座的荧光标记复合扩增的引物组、试剂盒及应用

说明书

技术领域

本发明涉及一种同时分析人基因组DNA 27个基因座的荧光标记复合扩增的引物组、试剂盒及应用，属于分子生物学技术领域，该系统可以应用于个体识别和亲子鉴定。

背景技术

短串联重复序列基因座(Short Tandem Repeat，STR)是目前普遍应用的遗传标记。STR标记与其他遗传标记物相比，STR基因座片段小、容易扩增，更适用于微量和降解检材，各基因座的扩增条件相近而能够复合扩增，因而具有快速、高效、准确、灵敏、信息量大等优点。尤其是在建立DNA数据库方面，与以往RFLP等技术相比，STR复合扩增技术具有极大的优越性。因此美国FBI进行了大量研究，选择了13个STR基因座用于建立DNA数据库——CODIS(Combined DNA Index System)：CSF1PO、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、FGA、TH01、TPOX、vWA，这些STR基因座通常被称为13个核心基因座。

正因为STR所具备的应用前景，法医界以及一些公司均对其进行了大规模的开发性研究。90年代中后期以美国ABI(Applied Biosystems,USA)为代表的技术型公司建立起复合扩增和荧光检测体系，并诞生了最具代表性的是ABI公司的IdentifilerTM和Promega(USA)公司的PowerPlex-16荧光检测试剂盒。这两个试剂盒均包括上述13个核心基因座，分别为5色和4色试剂盒。

长期的DNA检验实践表明，STR基因座的遗传多态性在种族间存在一定的差异，各个基因座间差别也很大。在美国FBI推荐的13个核心基因座中，有部分基因座遗传多态性不高，或是不同人群间差异较大，并不完全适用于中国人群，给DNA检验技术的应用带来一定的影响，因此，增加适合的检测基因座数目，从而增加分辨率，提高检测效率，是STR荧光试剂盒发展的一大要求，如2012年法医学杂志FSI：Genetics就刊文提议将13CODIS升级成24个STR基因座位点，除先前13CODIS外，加入D2S1338、D19S433、D1S1656、D12S391、D2S441、D10S1248、Penta E、DYS391、SE33、D22S1045、Penta D等11个基因座，外加Amelogenin，共计25个位点。

目前市场上主流的商品化试剂盒通常采用的是五色荧光检测技术。但随着检测基因座数 需求的增多，五色荧光技术检测基因座数的限制性凸显，因此六色荧光检测技术的建立和应用，是STR荧光检测试剂盒的必然趋势。

据此，我们在目前已广泛使用的五色荧光检测基础上，测试不同的第六色荧光，确定其在基因分析仪上的可实现性，最终成功建立了国内第一个STR六色荧光检测系统；同时对中国人群的STR基因座的遗传多态性进行了深入的研究，并以此为依据开发新的包含所有升级CODIS位点的复合扩增体系，特别是针对Amel的Y染色体丢失样本，加入Y染色体长臂上的2个基因座——Y indel和DYS391用以鉴别，以求在六色荧光检测系统中，提供对包括Amelogenin在内的27个基因座的分型结果，是目前国内累计个体识别能力和累积非父排除率最高的试剂盒。

发明内容

本发明的目的是：提供一种同时分析人基因组DNA 27个基因座的荧光标记复合扩增的引物组、试剂盒及应用，同时通过六色荧光检测体系检测，来进行个体识别和亲子鉴定的STR复合检验系统。涉及检测人基因组中具有多态性的STR遗传标记。本发明特别涉及用聚合酶链式反应在一个体系中同时扩增多个短串联重复基因座。

技术方案： 

一种同时分析人基因组DNA 27个基因座的荧光标记复合扩增的引物组，包括有用于扩增如下27个基因座的引物对：D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、D1S1656、Penta E、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、Penta D、D10S1248、D19S433、vWA、D21S11、D18S51、D6S1043、D8S1179、D5S818、D12S391、FGA、D22S1045、Y indel、D2S441、DYS391、SE33及Amelogenin。

上述引物对的序列以及在扩增体系中的浓度如表1所示：

表1各基因座引物序列及浓度

所述的每个引物对中至少有一个引物的5’端进行荧光染料标记。

所述的引物对是经过分组标记的。