[发明专利]淋球菌NG的特异DNA序列

说明书

技术领域

本发明涉及一种生物医学技术领域，尤其涉及一段淋球菌NG的特异DNA序列。

背景技术

淋球菌NG是一种泌尿系统经常感染的病原物，可引发尿道炎、子宫颈炎、输卵管炎、菌血症、关节炎等，在妊娠期间会导致自发流产、胎膜早破、早产和急性溶膜羊膜炎等疾病，准确地诊断是进行即时而可靠的治疗的依据，目前只能依据临床指征进行诊断。PCR和基因芯片诊断是一种快速而准确的检测方法，而这一类的诊断方法依赖于获得特异的核苷酸序列。

发明内容

本发明在于通过生物信息学和分子生物学技术，确定了一段淋球菌NG特异核苷酸序列及其PCR引物，该序列和相应的PCR引物可用于建立基因芯片和PCR方法进行淋球菌疾病的诊断。

本发明的技术方案为：本发明确定了一段淋球菌NG的特异DNA序列及其PCR引物，用引物进行PCR扩增，测序结果通过手工校对、序列拼接，并在NCBI中进行Blast相似性搜索，确保所得序列为目标序列，其特征在于，其序列如下：

tcaccgtcta tatggaaacc gccgccgcac aaagcgacag cgataccgta cgcagcctgc      60

tgacgcgcga taaacggctc gacaacatcc gcttcatcgg caaggaagac ggtttggcgg      120

aattacagtc caacctcg                                                    138

引物的序列：

正向引物：tcaccgtctatatggaaa

反向引物：gaggttggactgtaattc

探针的序列：

accgtcttccttgccgatga

所述淋球菌NG的特异DNA序列用于诊断淋球菌的基因芯片的探针序列，并通过上述的引物序列进行PCR扩增，标记后进行杂交检测或直接用于PCR诊断。

本发明的有益效果是：本序列的获得不仅为研究淋球菌类分子的作用机理奠定基础，且本发明建立的临床检测技术所使用的方法具有快速、准确、操作简便等优点，且成本也较低。

具体实施方式

下面结合实施例对本发明作进一步说明：

1、引物设计：

(1)、序列查找：通过NCBI查找到相关的序列

(2)、引物探针设计：通过引物探针设计软件，在目的基因序列特异性较强的一段进行设计。

2、引物合成：

引物探针均是在生工生物工程(上海)股份有限公司进行合成的；

3、提取

(1)、临床标本DNA模板的制备：

取少许病人尿液或分泌物作为样品，加适量生理盐水充分混均，2000r/min低速离心5min除去上清液，留沉淀备用；

(2)、样本DNA提取：

a、取少许作过前处理的样品加入50ul裂解液(1×PCR Buffer，0.45％NP-400.45％Tween-20，200ug/ml蛋白酶K)，将标本放人55℃水浴1小时，100℃水浴10min；

b、12000r/rain条件下离心5min，取上清备用；

4、扩增

a、扩增试剂：Anstart Taq Master Mix(菲鹏生物，货号A6120)，NG的引物探针(浓度均稀释到10P)，荧光定量PCR仪(step one，ABI)；

b、试剂配制：见表1

表1试剂配制表

c、扩增条件：见表2

表2扩增条件表

5、此基因的克隆鉴定

6、测序委托

选取3-5个效果较好的PCR扩增产物送由生工生物工程(上海)股份有限公司纯化后测序(测序所用引物与PCR所用引物相同)，采用的是sanger法测序，主要采用的仪器是3730XL测序仪，主要试剂是bigdye，所得基因序列经校正拼接后即为目的基因序列；

7、序列分析

测序结果通过手工校对、序列拼接，并在NCBI中进行Blast相似性搜索，确保所得序列为目标序列。

本发明所用引物的序列为：

正向引物：tcaccgtctatatggaaa

反向引物：gaggttggactgtaattc

本发明测得的序列为：