[发明专利]一种预示和鉴定西瓜果肉颜色的分子标记MboII-37及应用有效
申请号: | 201510117106.4 | 申请日: | 2015-03-17 |
公开(公告)号: | CN104711356A | 公开(公告)日: | 2015-06-17 |
发明(设计)人: | 马鸿艳;朱子成;栾非时;矫士琦 | 申请(专利权)人: | 东北农业大学 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C12N15/11;C12N15/10 |
代理公司: | 北京爱普纳杰专利代理事务所(特殊普通合伙) 11419 | 代理人: | 张勇 |
地址: | 150030 黑龙*** | 国省代码: | 黑龙江;23 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 预示 鉴定 西瓜 果肉 颜色 分子 标记 mboii 37 应用 | ||
1.一种预示和鉴定西瓜果肉颜色的分子标记MboII-37,其特征在于,分子标记扩增出的PCR产物片段大小为787bp,核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2.权利要求1所述分子标记MboII-37,其特征在于,位于西瓜番茄红素β-环化酶cds区段,该区段的GenBank登录号为ABM90917.1,与西瓜番茄红素β-环化酶基因紧密连锁。
3.权利要求1所述分子标记MboII-37,其特征在于,所述分子标记的鉴别引物对正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
4.权利要求1所述分子标记MboII-37,其特征在于,应用于鉴定和辅助筛选西瓜的果肉颜色。
5.权利要求4所述应用,其特征在于,是提取待测样品的DNA后,利用鉴别引物对进行PCR扩增,再利用限制性内切酶对扩增产物进行酶切,最后利用电泳对酶切产物进行检测。
6.权利要求4所述应用,其特征在于,步骤如下:
1)提取待测样品的DNA;
2)以待测样品的DNA为模板,利用鉴别引物对进行PCR扩增,获得扩增产物;
3)利用限制性内切酶对步骤2)所得的扩增产物进行酶切,获得酶切产物;
4)利用琼脂糖凝胶电泳对步骤3)所得的酶切产物进行检测。
7.权利要求6所述应用,其特征在于,步骤2)所述鉴别引物对,正向引物的核苷酸序列如SEQID NO.2所示,反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
8.权利要求6所述应用,其特征在于,步骤2)所述PCR扩增,采用降落PCR,扩增程序为:94℃预变性7min,94℃变性30s,60℃退火30s,每循环降低0.5℃,72℃延伸40s,30个循环;94℃变性30s,45℃退火30s,72℃延伸40s,10个循环;72℃延伸10min,4℃保存。
9.权利要求6所述应用,其特征在于,步骤4)所述对酶切产物进行检测,是利用琼脂糖凝胶电泳检测酶切后的产物中是否含有大小为495bp的条带,含有495bp条带的样品,不含有番茄红素,果肉颜色为非红色;不含有495bp条带的样品,含有番茄红素,果肉颜色为红色。
10.一种权利要求1所述分子标记MboII-37的获得方法,其特征在于,步骤如下:
1)选择一个浅黄色西瓜品系和一个红色西瓜品系;
2)利用高通量测序技术对步骤1)所选的两个品系的西瓜进行测序,并将所得序列与西瓜番茄红素β-环化酶基因cds区段的序列进行比对,获得存在西瓜番茄红素β-环化酶基因cds区段的序列的染色体区间;
3)在步骤2)所得染色体区间内查找存在SNP突变的碱基区段,并分析SNP位点的酶切信息,获得存在CAPS突变的序列;
4)针对步骤3)所得的序列,设计引物;
5)利用步骤4)所得的引物以西瓜基因组DNA为模板进行TD-PCR扩增,获得扩增产物;
6)利用限制性内切酶对步骤5)所得的扩增产物进行酶切验证。
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