[发明专利]鉴定病毒的方法和装置

权利要求书

1.一种病毒鉴定方法，其特征在于，包括，

获取待测样本的RNA测序数据，所述测序数据包括多个读段；

对所述测序数据的第一部分进行组装，获得组装序列，所述测序数据的第一部分包括不能比对上ncRNA参考序列的读段；

将所述测序数据的第一部分与所述组装序列进行比对，获得比对结果；

基于所述比对结果，确定所述组装序列上的突变位点，所述突变位点包括SNV，以及确定各条组装序列的(a)-(c)中的至少之一，

(a)平均熵值和中位数熵值至少之一，以及突变位点比例，

(b)平均突变率和中位数突变率至少之一，以及突变位点比例，

(c)突变位点比例，

一条组装序列的平均熵值为其上的SNV的熵值的平均值，

一条组装序列的中位数熵值为其上的SNV的熵值的中位数，

一条组装序列的平均突变率为其上的SNV的突变率的平均值，

一条组装序列的中位数突变率为其上的SNV的突变率的中位数，

一条组装序列的突变位点比例为其上的SNV的数目所占的比例，

SNV的熵值＝-100*∑(Pi*logPi)，Pi为该SNV的各种碱基的深度，

SNV的突变率＝支持该SNV的读段数目/比对上该SNV的读段数目，

将所述确定的组装序列的(a)-(c)至少之一和与其对应的界限比较，判定落入所述界限的组装序列来自病毒。

2.权利要求1的方法，其特征在于，所述测序数据的第一部分不包括符合(1)-(3)至少之一的读段，

(1)包含接头序列，和/或平均单碱基错误率大于0.01，

(2)长度小于18nt，和/或长度大于44nt，

(3)包含碱基质量值小于10的碱基个数大于2。

3.权利要求1的方法，其特征在于，所述ncRNA参考序列包括，rRNA参考序列、tRNA参考序列、snRNA参考序列、snoRNA参考序列和microRNA参考序列。

4.权利要求1的方法，其特征在于，所述组装包括，

分别对所述测序数据的第一部分中的全部读段和所述测序数据的第一部分中的至少一部分读段进行第一组装和第二组装，获得第一组装结果和第二组装结果，

合并所述第一组装结果和第二组装结果。

5.权利要求4的方法，其特征在于，所述第一组装和/或所述第二组装为混合组装。

6.权利要求1的方法，其特征在于，在获得组装序列之后，去除所述组装序列中的已知序列。

7.权利要求1的方法，其特征在于，在确定每条组装序列的(a)-(c)中的至少之一之前，去除该组装序列中深度小于100X的位点。

8.权利要求1的方法，其特征在于，还包括，

设计引物，对判定来自病毒的组装序列进行RT-PCR延伸，获得延伸产物；

利用延伸产物验证所述组装序列来自病毒。