[发明专利]大豆胞囊线虫抗性相关Map-5041SNP标记的芯片检测方法及应用

说明书

本发明公开了大豆胞囊线虫抗性相关Map‑5041SNP标记的芯片检测方法及应用。本发明提供了检测大豆基因组中Map‑5041SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫3号生理小种抗性中的应用。还提供了检测大豆基因组中Map‑5041SNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫3号生理小种抗性产品中的应用。本发明的实验证明，本发明筛选出Map‑5041SNP位点，通过检测其的基因型可以在品种早期对育种材料进行大豆胞囊线虫3号生理小种抗性，极大提高了育种过程中抗病品种的选择效率、缩短育种时间，对于抗大豆胞囊线虫品种的培育效果显著。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及大豆胞囊线虫抗性相关Map-5041SNP标记的芯片检测方法及应用。

背景技术

大豆胞囊线虫(Soybean Cyst Nematode，SCN)具有分布广，危害重，传播途径多，寄主范围广，存活时间久等特点，是一种极难防治的土传病害，其发生可对大豆生产造成毁灭性打击，目前，该病害具有蔓延及日趋加重的趋势，已经严重制约了大豆生产。实践证明，培育和种植抗病品种是防治病害的最有效途径。由于SCN抗性基因在遗传上的复杂性和大豆胞囊线虫生理小种的多样性，利用传统抗病表型鉴定和育种方法培育抗大豆胞囊线虫病的品种不但需要花费很长的时间，而且难于成功，已经不能够满足当前抗线育种的发展。随着分子标记的开发和使用，分子标记辅助选择(Molecular marker-assisted selection，MAS)成为可以节约人力、物力和加速育种进程的有效方法(Cregan et al.1999)。MAS的最大优点是在不需要评估表型特征的情况下，通过确认是否带有目标基因而鉴定出抗性植株。

经典遗传分析表明，大豆胞囊线虫的抗性是受多个位点控制的数量性状，其中Rhg4是主效的抗病基因，已被克隆(Liu et al.Nature,2012)。从该抗病区间内发掘抗病分子标记可为MAS提供有效的标记资源，满足育种需要。关联分析，又称关联作图(Association Mapping)，是一种以LD(Linkage Disequlibrium)分析为基础，直接对基因型变异和表型变异进行分析，从而把那些与性状有关联的基因鉴定出来(Khush etal.2001)，关联分析方法已成为发掘与表型相关分子标记的强有力工具。新型分子标记—SNP因为具有在基因组中数量多、分布广泛、可高通量检测等优点而在近年广泛用于鉴定多基因控制的复杂性状。随着SNP标记数量的不断增多，高通量的SNP分型平台不断推出，包括BeadArray(Illumina)，GenomeLab SNP stream(Beckman)和MegAllele(Affymetrix)等，其中Illumina公司的BeadArray芯片鉴定技术具有高效、高通量、成本低、准确性好等优点，适合位点数从几十到几千的中等通量基因分型研究，实验成功率>99％，是理想的中等通量基因分型检测的解决方案，目前已被广泛用于人类、拟南芥、水稻等物种的SNP分型。

发明内容

本发明的一个目的是提供检测大豆基因组中Map-5041SNP位点的多态性或基因型的物质的用途。

本发明提供的检测大豆基因组中Map-5041SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫3号生理小种抗性中的应用。

所述检测Map-5041SNP位点的多态性(即等位基因)或基因型具体可为检测Map-5041SNP位点的核苷酸种类。

本发明另一个目的是提供检测大豆基因组中Map-5041SNP位点的多态性或基因型的物质的另一个用途。

本发明提供了检测大豆基因组中Map-5041SNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定大豆对大豆胞囊线虫3号生理小种抗性产品中的应用。

本发明第三个目的是提供检测大豆基因组中Map-5041SNP位点的多态性或基因型的物质的第三个用途。