[发明专利]一种植物亲本来源真实性及其比例测试新方法

权利要求书

1.一种植物亲本来源真实性及其比例测试新方法，其特征在于，所述方法包括：

获得待测品种所属种内不同品种间的变异位点；

根据所述变异位点确定测试区域；

分别对所述待测品种和所述待测品种的亲本进行抽样，提取并获得所述待测品种的抽样样本的DNA和所述待测品种的亲本的抽样样本的DNA；

制备扩增所述测试区域的引物；

利用所述引物分别对所述待测品种的抽样样本的DNA和所述待测品种的亲本的抽样样本的DNA进行扩增，分别得到所述待测品种的扩增产物和所述待测品种的亲本的扩增产物，并用得到的所述扩增产物分别构建所述待测品种的高通量测序文库和所述待测品种的亲本的高通量测序文库；

分别对所述待测品种的高通量测序文库和所述待测品种的亲本的高通量测序文库进行高通量测序，得到所述待测品种的测序片段组和所述待测品种的亲本的测序片段组；

分析所述待测品种的测序片段组和所述待测品种的亲本的测序片段组，分别获得待测品种基因型和亲本基因型，所述待测品种基因型为所述待测品种在所述测试区域内变异碱基的组合，且所述待测品种基因型的频率≥30％，所述亲本基因型为所述亲本在所述测试区域内变异碱基的组合，且所述亲本基因型的频率≥30％；

根据所述待测品种基因型和所述亲本基因型，判断所述待测品种的亲本来源的真实性并计算亲本来源的比例。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测试区域不包括扩增产生杂株基因型的区域；

所述杂株基因型指频率≥0.02％，且所述杂株基因型与所述待测品种的所有所述基因型间的差异碱基的数量≥2个或所述差异碱基中有非连续碱基的插入或缺失。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，分别对所述待测品种和所述待测品种的亲本进行抽样的方法为：分别随机选取100个以上的所述待测品种和所述待测品种的亲本的样本混合后，获得所述待测品种的抽样样本和所述待测品种的亲本的抽样样本。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，判断所述待测品种的亲本来源的真实性的方法为：若所述待测品种中存在非亲本基因型，则所述待测品种的亲本来源不真实；若所述待测品种中不存在所述非亲本基因型，则所述待测品种的亲本来源真实；所述非亲本基因型为所述待测品种基因型，且所述非亲本基因型与任意所述亲本基因型的差异碱基数≥2个。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，计算亲本来源的比例的公式为：亲本来源的比例其中，n为亲本特有测试区域的数目；i为第i个所述亲本特有测试区域；Si为第i个所述亲本特有测试区域中，亲本特有基因型与所述待测品种基因型间相同的基因型的数目；Ti为第i个所述亲本特有测试区域中所述待测品种基因型的数目；所述亲本特有基因型为只在所述亲本中出现的所述亲本基因型，所述亲本特有测试区域指具有所述亲本特有基因型的所述测试区域。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，通过所述变异位点确定所述测试区域的方法为：

通过区分度计算区分度的值，其中，a为变异窗口区域中被检测到的品种总数，bi为所述变异窗口区域中第i种基因型的品种数，且bi>1，k为包含大于1个品种的基因型的数目，所述变异窗口区域为以每个单核苷酸变异位点为中心，向所述单核苷酸变异位点的两侧各延伸测序列长度的1/2作为检测的窗口；

所述测试区域为细胞质基因组上区分度大的区域或细胞核基因组上所述区分度大且均匀分布的区域。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述高通量测序的深度≥5000倍。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物为美国赛默飞世尔公司提供的多重扩增引物。