[发明专利]肿瘤的分子谱分析

权利要求书

1.试剂在制备为需要的受试者的癌症确定候选治疗的组合物中的用途，包括：

(a)对该样品进行DNA测序以确定至少下组基因的测序突变谱：KRAS、BRAF、c-KIT和EGFR；和

(b)相对于规则数据库比较测序突变谱，其中该规则数据库包含其对癌细胞的生物活性已知的治疗的图谱，该癌细胞：

在所述测序突变谱中所包括的一种或多种基因中具有0个或更多个突变；和

(c)如果满足以下条件，则确定所述候选治疗：

i.比较表明该治疗应当对该癌症具有生物活性；和

ii.比较没有表明该治疗不能用于治疗该癌症。

2.权利要求1的用途，其中所述样品包括福尔马林固定的石蜡包埋的(FFPE)组织、新鲜冷冻(FF)组织，或保存核酸或蛋白质分子的溶液中包含的组织。

3.权利要求1的用途，其中所述样品通过质量控制测试。

4.权利要求3的用途，其中所述质量控制测试包括A260/A280比或RPL13a mRNA的RT-PCR的Ct值。

5.权利要求4的用途，其中所述质量控制测试包括A260/A280比＜1.5或RPL13a Ct值＞30。

6.权利要求1的用途，其中所述测序突变谱分析进一步包括测定PI3K。

7.权利要求1的用途，其中所述用于测序突变谱分析的基因还包括以下一种或多种：ABCC1、ABCG2、ACE2、ADA、ADH1C、ADH4、AGT、雄激素受体、AR、AREG、ASNS、BCL2、BCRP、BDCA1、BIRC5、B-RAF、BRCA1、BRCA2、CA2、小窝蛋白、CD20、CD25、CD33、CD52、CDA、CDK2、CDW52、CES2、CK14、CK17、CK5/6、c-KIT、c-Myc、COX-2、细胞周期蛋白D1、DCK、DHFR、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、E-钙粘着蛋白、ECGF1、EGFR、EPHA2、表皮调节素、ER、ERBR2、ERCC1、ERCC3、EREG、ESR1、FLT1、叶酸受体、FOLR1、FOLR2、FSHB、FSHPRH1、FSHR、FYN、GART、GNRH1、GNRHR1、GSTP1、HCK、HDAC1、Her2/Neu、HGF、HIF1A、HIG1、HSP90、HSP90AA1、HSPCA、IL13RA1、IL2RA、KDR、KIT、K-RAS、LCK、LTB、淋巴毒素β受体、LYN、MGMT、MLH1、MRP1、MS4A1、MSH2、Myc、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、ODC1、OGFR、p53、p95、PARP-1、PDGFC、PDGFR、PDGFRA、PDGFRB、PGP、PGR、PI3K、POLA、POLA1、PPARG、PPARGC1、PR、PTEN、PTGS2、RAF1、RARA、RRM1、RRM2、RRM2B、RXRB、RXRG、SPARC、SPARC MC、SPARC PC、SRC、SSTR1、SSTR2、SSTR3、SSTR4、SSTR5、存活蛋白、TK1、TLE3、TNF、TOP1、TOP2A、TOP2B、TOPO1、TOPO2B、拓扑异构酶II、TS、TXN、TXNRD1、TYMS、VDR、VEGF、VEGFA、VEGFC、VHL、YES1和ZAP70。

8.权利要求1的用途，其中所述规则数据库包括表1和/或表2中列出的规则。

9.权利要求1的用途，其中所述规则数据库内包含的规则基于各种治疗的有效性，特别是对于靶基因或基因产物的有效性。

10.权利要求1的用途，其中所述治疗包括施用一种或多种候选治疗剂。