[发明专利]一种葡萄座腔菌的检测方法有效
申请号: | 201510201075.0 | 申请日: | 2015-04-25 |
公开(公告)号: | CN104774955A | 公开(公告)日: | 2015-07-15 |
发明(设计)人: | 高文娜;况卫刚;郑春生;骆卫峰;张百怡 | 申请(专利权)人: | 向华 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C12Q1/04;C12R1/645 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 410128 湖南省长沙市*** | 国省代码: | 湖南;43 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 葡萄 座腔菌 检测 方法 | ||
1.一种三重荧光定量PCR的检测组合物,包括:
B.stevensii引物Bst-F:TCATCGAGAAGTTCGAGAAGGTAAG(SEQ ID No.1)
B.stevensii引物Bst-R:CAAGTGCGGCCAGTTTGC(SEQ ID No.2)
B.stevensii探针Bst-T:TGCGCTTATCTGCCGCCGTG(SEQ ID No.3)
B.obtusa引物Bob-F:TCATCGAGAAGTTCGAGAAGGTAAG(SEQ ID No.1)
B.obtusa引物Bob-R:CAAGTGCGGCCAGTTTGC(SEQ ID No.2)
B.obtusa探针Bob-T:ACAGCCCACCTTATCGCTCGGTGAG(SEQ ID No.4)
B.dothidea引物Bod-F:TCATCGAGAAGTTCGAGAAGGTAAG(SEQ ID No.1)
B.dothidea引物Bod-R:GGAGATTTTGCCGAAGACCA(SEQ ID No.5)
B.dothidea探针Bod-T:ACATTTTCTGTGCCTGCACGTGTGCTG(SEQ ID No.6)。
2.权利要求1的检测组合物,其中三条探针标记的荧光基团分别为FAM、NED、JOE,对应的淬灭基团为BHQ1、BHQ2、BHQ1。
3.权利要求1或2所述的检测组合物,用于三重荧光定量PCR检测三种葡萄座腔菌的方法。
4.权利要求3的方法,包括以下步骤:
(1)采集待测样本;
(2)提取样本基因组DNA;
(3)用多重实时荧光PCR法检测;
其中,所述三种葡萄座腔菌选自B.stevensii,B.obtusa,B.dothidea。
5.权利要求4的方法,其中所述步骤(2)提取样本基因组DNA,是采用的是磁珠提取法。主要步骤如下:取研磨液放置于1.5mL离心管中;向离心管中加入600μL裂解液,涡旋震荡混匀15s,室温静置10min,12000rpm离心2min;取200μL上清于新的离心管中,加入200μL磁珠,震荡混匀,静置10min,收集磁珠,弃上清;加入500μL洗涤液,弃废液收集磁珠;加入500μL无水乙醇洗涤,弃废液收集磁珠;加入70%乙醇洗涤,弃废液收集磁珠;加入50TE buffer溶解,吸取上清液至新的EP管中,备用。
6.权利要求5的方法,其中所述步骤(3)用多重实时荧光PCR法检测,是指用以下引物和探针序列进行反应:鉴定B.stevensii引物为Bst-F和Bst-R,探针为Bst-T;鉴定B.obtusa引物为Bob-F和引物Bob-R,探针为Bob-T;B.dothidea引物为Bod-F和Bod-R,探针为Bod-T。
7.权利要求3-6的方法,其中所述实时荧光定量PCR反应体系总体积为25μL,三种真菌DNA模板同时扩增会产生干扰,对整个反应体系进行优化,最终多重实时荧光PCR法检测反应体系如下:
样本基因组DNA 2μL;
2xTaqman Express PCR Master Mix(Applied Biosystems,USA),12.5μL;
B.stevensii探针Bst-T:0.25μL,浓度为10μmol/L;
B.obtusa探针Bob-T:0.25μL,浓度为10μmol/L;
B.dothidea探针Bod-T:0.25μL,浓度为10μmol/L;
B.stevensii引物Bst-F:1μL,浓度为10μmol/L;
B.stevensii引物Bst-R:0.5μL,浓度为10μmol/L;
B.dothidea引物Bod-R:0.5μL,浓度为10μmol/L;
RNase-free Water,7.75μL。
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