[发明专利]针对融合基因进行扩增子测序的引物设计方法

权利要求书

1. 一种针对融合基因进行扩增子测序的引物设计方法，所述方法是在Ion Ampliseq^TM Designer工具上进行的扩增子引物设计方法，其特征在于,所述方法包括以下步骤：

1）确定融合基因序列信息，即确定发生融合的前基因A序列和后基因B序列以及融合位点，找到前基因Ａ和后基因Ｂ发生融合的外显子区序列，以及各自的染色体定位信息，即各自对应的染色体起点和终点位置；

２）在Ion Ampliseq^TM Designer中输入前基因A和后基因B发生融合的外显子区的各自的染色体定位信息，分别设计出扩增子引物；

３）根据基因A、基因B在染色体中定位的正负链信息，确定基因A、基因B分别应该选择正向引物还是反向引物，其中选择情况如下所示：

染色体定位情况前基因A后基因B正链-正链正向引物反向引物负链-负链反向引物正向引物正链-负链正向引物正向引物负链-正链反向引物反向引物

；

４）引物及扩增子序列确认，即当引物设计完成之后，首先需要对并选择好的融合基因引物在融合基因的序列中进行位置查找，查看其扩增子长度，并判断扩增子长度范围。

2. 如权利要求1所述的针对融合基因进行扩增子测序的引物设计方法，其特征在于，步骤4）中所获得的扩增子长度范围为125-175bp。

3. 如权利要求1所述的针对融合基因进行扩增子测序的引物设计方法，其特征在于，若步骤4）中所获得的扩增子长度范围不为125-175bp，则该方法还进一步包括步骤5）对在步骤2）中输入的前基因A和后基因B的染色体定位信息进行调整，重复步骤2）至4），直至在步骤4）中所获得的扩增子长度范围在125-175bp内。

4. 如权利要求3所述的针对融合基因进行扩增子测序的引物设计方法，其特征在于，步骤5）的染色体定位信息调整包括：若所得扩增子长度大于175bp，则将前基因A的输入定位信息右移或将后基因B的输入定位信息左移以缩短扩增子长度，若所得扩增子长度小于125bp，则将前基因A的输入定位信息左移或将后基因B的输入定位信息右移以增加扩增子长度。

5. 如权利要求4所述的针对融合基因进行扩增子测序的引物设计方法，其特征在于，每次调整的量为50bp或50bp以上。