[发明专利]一种模块化组装的蛋白质结构模型

权利要求书

1.一种模块化组装的蛋白质结构模型，其特征在于：由通用模块和氨基酸特征模块依次重复连接而来，并分别在两端连接氨基模块和羧基模块，即：氨基模块-氨基酸特征模块1-通用模块1-氨基酸特征模块2-通用模块2……氨基酸特征模块n-羧基模块；

所述的通用模块是代表肽平面中羰基与氨基形成的酰胺平面结构组合模型，其结构如式I所示：

其中L1、L2、L3、L4、L5表示与相应原子相连的键，O、C、N、H原子及键L1、L2、L3、L4、L5用四方形平面上的图示方法或代表原子和键的立体模型表示，L4、L5是可选结构；

所述的氨基酸特征模块是指氨基酸α碳原子及其上连接的氢原子、侧链组合形成的结构，所述侧链组合上标记出该氨基酸的名称或者连接该氨基酸侧链其余部分的结构模型，其结构如式II所示：

其中aa表示侧链组合；与C原子连接的键L6、L7、L8、L9呈四面体结构；虚线L8、L9表示备选结构；

所述的氨基模块表示NH₂-基团的结构模型，该模块是N原子、H原子及化学键模型组成的固定结构或组装结构；

所述的羧基模块表示-COOH基团的结构模型，该模块是C原子、O原子、H原子及化学键模型组成的固定结构或组装结构。

2.根据权利要求 1所述的一种模块化组装的蛋白质结构模型，其特征在于：所述的蛋白质结构模型 中原子的形状为球形、四面体形或椭球形。

3.根据权利要求 1所述的一种模块化组装的蛋白质结构模型，其特征在于：所述的通用模块为含有L4、L5的立体模型，模型参数L1：L2、L1：L3、L1：L4、L1：L5的长度比例为1.23:0.8～2.0、1.23:0.6～2.0、1.23:0.9～2.5、1.23:0.9～2.5。

4.根据权利要求 1所述的一种模块化组装的蛋白质结构模型，其特征在于：当通用模块中具有L4、L5时，特征模块可以没有L8、L9；当通用模块没有L4、L5时，特征模块具有L8、L9；当通用模块具有L4、L5时，同时特征模块具有L8、L9，则L4、L5分别与L8、L9重叠组装成一个键。

5.根据权利要求 1所述的一种模块化组装的蛋白质结构模型，其特征在于：当氨基酸为甘氨酸时，特征模块可选用但不仅限于：

6.根据权利要求 1所述的一种模块化组装的蛋白质结构模型，其特征在于：所述的特征模块为无L8、L9的立体模型，模型参数L5：L6、L5：L7的长度比例为1.23:0.5～2.5、1.23:0.6～2.5。

7.根据权利要求 1所述的一种模块化组装的蛋白质结构模型，其特征在于：所述的氨基模块表示NH2-基团的结构模型，该模块是N原子、H原子及化学键模型组成的固定结构或组装结构。

8.根据权利要求 1所述的一种模块化组装的蛋白质结构模型，其特征在于：所述的羧基模块表示-COOH基团的结构模型，该模块是C原子、O原子、H原子及化学键模型组成的固定结构或组装结构。

9.根据权利要求 1所述的一种模块化组装的蛋白质结构模型，其特征在于：所述的通用模块与特征模块连接后，L4与L6、L7的夹角为60-150°；L5与L6、L7的夹角为60°-150°。

10.根据权利要求 1所述的一种模块化组装的蛋白质结构模型，其特征在于：所述的蛋白质结构模型各模块之间的连接采用可旋转的连接方式。