[发明专利]用以检测染色体的非整倍性的方法及其非瞬时机器可读介质

说明书

技术领域

本发明涉及生物信息。

背景技术

染色体的非整倍性是指染色体数目并非特定物种的染色体数量特征的整倍数。额外或缺失的染色体是导致遗传性疾病的主要原因，其中遗传性疾病包含人类先天缺陷。羊膜穿刺术(也称作羊水测试(amniotic fluid test；AFT))是一种用于产前诊断染色体异常与婴儿感染的医疗程序。检测到的最常见的异常为唐氏症(三染色体21症)、艾德华氏症(三染色体18症)、巴陶氏症(三染色体13症)、透纳氏症(单染色体X症)。然而，羊膜穿刺术有多种风险，包含流产、针伤、羊水溢漏、Rh因子激敏反应、感染以及感染传播。

发明内容

根据本发明的部分实施方式，一种用以检测目标核酸区域的染色体的非整倍性的方法，其包含下列步骤。取得参照数据库。参照数据库通过测序平台测序多个参照生物样本而建立。根据参照数据库确定至少一正规化因子。根据该参照数据库确定截止值。通过测序平台测序受试生物样本，以得到受试生物样本的目标序列的数量。受试生物样本从孕妇上取得，且受试生物样本具有孕妇及其胎儿的核酸分子。受试生物样本的目标序列源自于目标核酸区域。以正规化因子正规化受试生物样本的目标序列的数量。比对受试生物样本的目标序列的已正规化的数量与截止值。根据比对，判定胎儿中关于目标核酸区域的染色体的非整倍性是否呈现。

根据本发明的部分实施方式，一种非瞬时机器可读介质储存程序，当该程序由至少一处理单元执行时，该程序检测关于目标核酸区域的染色体的非整倍性。该程序包含多个指令组用于下列步骤。取得参照数据库。参照数据库通过测序平台测序多个参照生物样本而建立。根据参照数据库确定至少一正规化因子。根据该参照数据库确定截止值。通过测序平台测序受试生物样本，以得到受试生物样本的目标序列的数量。受试生物样本从孕妇上取得，且受试生物样本具有孕妇及其胎儿的核酸分子。受试生物样本的目标序列源自于目标核酸区域。以正规化因子正规化受试生物样本的目标序列的数量。比对受试生物样本的目标序列的已正规化的数量与截止值。根据比对，判定胎儿中关于目标核酸区域的染色体的非整倍性是否呈现。

附图说明

图1为根据本发明的部分实施方式的用以检测染色体的非整倍性的方法的流程图。

图2A与图2B展示根据本发明的多个工作实施例以相同测序平台测序的多个参照生物样本的染色体序列的图。

图3为图1的步骤120的流程图。

图4为图3的步骤123的流程图。

图5展示根据本发明一实施例的参照生物样本的第21对染色体的总体频率分布。

图6展示参照生物样本的第22对染色体总体频率与参照生物样本的第21对染色体的43-45Mb的局部频率之间的相关性。

图7展示参照生物样本的第22对染色体总体频率与参照生物样本的第21对染色体的43-45Mb的总体频率之间的相关性。

图8展示参照生物样本的第22对染色体总体频率与参照生物样本的已正规化的第21对染色体的43-45Mb的总体频率之间的相关性。

图9为图1的步骤130的流程图。

图10展示根据图5-8的工作实施例的参照标准分数分布。

图11为图1的步骤150的流程图。

图12展示根据图5-8与图10的工作实施例的测试与参照标准分数分布。

具体实施方式

于以下详细叙述中，为了说明起见，阐述了许多特定的细节以完整地了解在此揭露的实施方式。然而，明显地，仍有一或多个实施方式可在没有这些特定细节下执行。在其它例子中，仅以示意方式绘示普遍为人所知的结构与装置，以简化附图。

于此，所使用的术语「生物样本」指从主体(例如人类，如孕妇)取出且包含一个或多个有关核酸分子的任何生物样本。