[发明专利]暗褐网柄牛肝菌SSR分子标记

说明书

技术领域

本发明涉及暗褐网柄牛肝菌SSR分子标记，具体涉及暗褐网柄牛肝菌的简单重复序列（SSRs，Simple sequence repeats）分子标记，属DNA分子标记技术领域。

背景技术

简单重复序列（SSRs，Simple Sequence Repeats），又叫做微卫星位点（Microsatellites），是由1 ~ 6 bp的重复单元串联重复而成的序列（Sharma et al. 2007）。它们在原核、真核基因组中广泛分布，在基因编码区及非编码区都能找到（Li et al. 2004）。作为分子标记，SSR有许多优点：在整个基因组中分布广泛、均匀且数量充足，因而多态性很高；SSR标记呈孟德尔共显性遗传，可以区分纯合、杂合基因型；PCR扩增仅需要少量DNA，且对DNA的质量要求不高。近年来还发现SSR在基因组中可能发挥着一些功能，例如影响基因调控、基因组系统组成等。因此从基因组水平上了解SSR的分布是非常重要的。传统获得SSR标记的方法需通过建立、筛选基因组文库、克隆测序、引物设计等一系列实验，耗费许多人力、物力。而现在，随着基因组测序越来越便捷，由基因组数据中直接开发SSR标记的方法也被运用得越来越多。

暗褐网柄牛肝菌（Phlebopus portentosus）是云南南部及泰国北部最受欢迎的野生食用菌之一。在脱离宿主树，接种于人工培养基的情况下，暗褐网柄牛肝菌在菇房中经过约3个月时间培养，能够完成整个生活史，形成子实体，是目前牛肝菌目中唯一一个担孢子、菌丝体在实验室条件下能够萌发、生长、交配，并实现温室栽培出菇的物种。作为刚刚开始被人工栽培的物种，暗褐网柄牛肝菌生物学、生态学的研究基本上还停留在现象观察的程度上，能用的特异性分子标记缺乏，对它的遗传多样性、群体遗传学方面的特性更是几乎一无所知。利用上述方法，开发SSR分子标记，能对其遗传多样性，群体遗传学及种质鉴定进行研究，对将来新品种的开发，种质资源的评价，栽培技术的创新突破都具有十分重要的意义。

发明内容

本发明的目的在于，根据目前暗褐网柄牛肝菌研究的需要，开发具有多态性的暗褐网柄牛肝菌SSR分子标记，建立技术体系，弥补其特异性分子标记的空白，为其遗传多样性，群体遗传学及种质鉴定研究提供有力的研究工具。

本发明的技术方案为：在已经获得暗褐网柄牛肝菌基因组数据的基础之上，利用常规生物信息学方法，在基因组水平上检测其SSR的分布，进行引物设计，利用来自西双版纳地区的暗褐网柄牛肝菌样品，选取部分引物进行初筛、复筛后，得到15个具有多态性的SSR分子标记，其编号为： PP50097、PP64100、PP32087、PP85099、PP80085、PP56123、PP76127、PP57130、PP39117、PP60130、PP93120、PP23157、PP45160、PP30156、PP48147。

上述SSR分子标记的核苷酸序列分别为：

PP50097（143 bp），由SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列组成：

ACCAAGTTTTTCCCCACTCCCTTCTCAAAGCCCCCTTCACCCACTTACTTACGAGGGCCGGCGGGAGCAATTCAAGATGGTAGGGTGATATTTCACCAGATCGCGTGAGCTCATACGACCCTGTGTACTGCCATTCGTTGGCC ；

PP64100（312 bp），由SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列组成：

ATGTGATGATGAAGTCAAGCAGCAGTCGATGAGGTGGGAGATTGTCATGTTGTGAGTGCACATGTGTGTGACAAGCAGCAGTCGAGGGGGTGAGGGATTGCCATGCATCATTGATGGAATTGAGTGCGTGTGTCATGAGTGCGTGTGCCGGTGTGTGTGTGTGACAAGCAGCAGTAAAGGGGGTGGGGGATTGCCATGTTGGTGATGCCATCGAACAGGTGGGTCGTGAGCGTGCATGCATGCGTGCCGTGAACATCGAGGGGGTGGGGGATTACCATGCATCGTCGATGAAATCGAGTAGGTAGGTCGTGA ；

PP32087（143 bp），由SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列组成：