[发明专利]一种检测人类PDGFRα基因D842_H845del突变或I843_D846del突变的诊断试剂盒和方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种检测人类PDGFRα基因D842_H845del突变或I843_D846del突变的诊断试剂盒。

背景技术

胃肠道间质瘤(GastrointestinalStromalTumors,GIST)是一类起源于胃肠道间叶组织的肿瘤，占消化道间叶肿瘤的大部分。胃肠道间质瘤占胃肠道恶性肿瘤的1～3％，估计年发病率约为10－20/100万，多发于中老年患者，40岁以下患者少见，男女发病率无明显差异。GIST大部分发生于胃(50～70％)和小肠(20～30％)，结直肠约占10～20％，食道占0～6％，肠系膜、网膜及腹腔后罕见。GIST病人20-30％是恶性的，第一次就诊时约有11～47％已有转移，转移主要在肝和腹腔。

目前临床上一线靶向药物是格列卫(伊马替尼，诺华制药)，二线药物索坦(舒尼替尼，辉瑞制药)每个患者年消费均为十余万人民币。不同基因突变类型患者，辅助治疗的获益存在差异，因此靶向治疗之前需进行基因检测，以预测靶向治疗的疗效并指导靶向药物种类和剂量的选用。其规范的用药方案已经进入《中国胃肠间质瘤诊断治疗共识》(2013年版)。

人类PDGFRα基因是编码血小板源性生长因子家族中的一个细胞膜酪氨酸激酶受体的基因，其突变与GIST相关。如，PDGFRα基因D842_H845del突变和I843_D846del突变就与GIST的治疗相关，出现了这D842_H845del突变或I843_D846del突变的病人，对GIST的一线药物——格列卫敏感，可以采用一线药物治疗有效，而未突变的患者则对一线药物不敏感，应当采用二线药物——索坦治疗。因此，检测GIST患者是否出现D842_H845del突变或I843_D846del突变，对其临床用药有非常重要的意义。

D842_H845del突变和I843_D846del突变属于PDGFRα第18外显子上的突变，二者均属于缺失突变，且缺失的氨基酸有交叉，具体如图1所示。

目前，均是通过测序的方式检测PDGFRα基因D842_H845del突变和I843_D846del突变，但是测序的经济和人力成本太高，不利于普通的临床检测。

发明内容

为了解决上述问题，本发明提供了一种新的定量PCR检测试剂盒和方法，用于检测PDGFRα基因D842_H845del突变或I843_D846del突变。

PDGFRα基因D842_H845del突变或I843_D846del突变的信息如下：

本发明提供了SEQIDNO.1～2所示的引物对。

本发明提供了SEQIDNO.3所示的探针。

本发明还提供了SEQIDNO.1～2和SEQIDNO.3所示的探针在制备检测检测人类PDGFRα基因D842_H845del突变或I843_D846del突变的试剂中的用途。

优选地，所述试剂还包括SEQIDNO.4～5所示引物对与SEQIDNO.6所示的探针或SEQIDNO.7～9所示引物与SEQIDNO.10所示的探针。

本发明还提供了一种检测人类PDGFRα基因D842_H845del或I843_D846del突变突变的试剂盒，它包括SEQIDNO.1～2和SEQIDNO.3所示的探针。

优选地，它还包括质控引物与质控探针：SEQIDNO.4～5所示引物对与SEQIDNO.6所示的探针或SEQIDNO.7～9所示引物与SEQIDNO.10所示的探针。

本发明还提供了一种检测人类PDGFRα基因D842_H845del突变或I843_D846del突变的方法，它包括如下步骤：

(1)提取样本DNA：取待检组织，提取其中的DNA；

(2)基因扩增：用前述的试剂盒对待检样本中的DNA进行扩增；

(3)结果检测：对DNA扩增结果进行检测。

本发明根据PDGFRα基因D842_H845del突变和I843_D846del突变的交叉部分，设计了特定的引物，用于检出D842_H845del和I843_D846del突变。本发明试剂盒和方法可以有效检测D842_H845del突变和I843_D846del突变的交叉部分，而D842_H845del突变或I843_D846del突变是不会同时出现的，因此，只要用本发明检试剂盒和方法测出有突变，就可以确证此种突变要么是D842_H845del突变，要么是I843_D846del突变。