[发明专利]染色体跨度的单体型图及其构建方法

权利要求书

1.一种染色体跨度的单体型图的构建方法，其特征在于，所述构建方法包括：

步骤S1，对包含待测样本基因组交联位点的测序文库进行测序，得到PE reads；

步骤S2，将所述PE reads分别与参考基因组上的序列进行第一次比对，得到第一比对结果；

步骤S3，根据所述第一比对结果构建所述PE reads的一致性序列，获得高质量的SNP位点；以及

步骤S4，根据获取的所述高质量的SNP位点对所述PE reads中的每一条reads进行筛选，获得至少含有2个杂合SNP位点的reads；利用所述杂合SNP位点构建所述染色体跨度的单体型图；

在所述步骤S2之前，所述构建方法还包括对所述参考基因组上的序列进行前处理的步骤，所述前处理的步骤包括：

基于BWA和SAMtools对所述参考基因组上的序列进行索引文件的构建；

对所述参考基因组上的序列的长度、碱基含量和空缺的比例进行统计；以及

获取构建所述测序文库时所使用的限制性内切酶在所述参考基因组序列上的分布位置和数目。

2.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，在所述步骤S2之前，所述构建方法还包括判断所述测序文库是否合格的步骤，所述判断测序文库是否合格的步骤包括：

步骤a，抽取部分所述PE reads作为待质控文库；

步骤b，将所述待质控文库与所述参考基因组上的序列进行第二次比对，得到第二比对结果；

步骤c，利用所述第二比对结果计算所述待质控文库的插入片段在所述参考基因组上的跨度；以及

步骤d，若所述跨度大于10kb，且所述跨度大于10kb的插入片段在所述待质控文库中所有插入片段总数的比例为50％以上，则判断所述测序文库合格。

3.根据权利要求1或2所述的构建方法，其特征在于，在所述步骤S1之后，以及在所述步骤S2之前，所述构建方法还包括对PE reads进行质控的步骤；所述质控的步骤包括：

检测所述PE reads中是否存在外源样本污染，和/或

对所述PE reads进行低质量数据过滤。

4.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，所述步骤S2包括：

利用BWA软件的mem模块，将所述PE reads通过第一次比对分别比对到建好所述索引文件的所述参考基因组的序列上，得到所述第一比对结果。

5.根据权利要求4所述的构建方法，其特征在于，所述步骤S2在得到所述第一比对结果后，还包括对所述PE reads进行覆盖均匀性检测的步骤，所述覆盖均匀性检测的步骤包括：

检测在不同测序深度下，所述PE reads对所述参考基因组的覆盖程度和覆盖深度，所述覆盖程度是指所述PE reads覆盖所述参考基因组上的序列的长度与所述参考基因组上的序列的总长度的比值；所述覆盖深度是指所述参考基因组相应位置被所述PE reads覆盖到的次数。

6.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，所述步骤S3包括：

根据所述第一比对结果，利用SAMtools软件构建所述PE reads的一致性序列，以及

获取所述一致性序列中存在的所述高质量的SNP位点。