[发明专利]一种适用于天然产物质谱数据解析的数据库构建方法在审

专利信息
申请号: 201510443268.7 申请日: 2015-07-24
公开(公告)号: CN105095448A 公开(公告)日: 2015-11-25
发明(设计)人: 范骁辉;姜毅;吴晓波;李美松 申请(专利权)人: 浙江大远智慧制药工程技术有限公司
主分类号: G06F17/30 分类号: G06F17/30
代理公司: 杭州杭诚专利事务所有限公司 33109 代理人: 林宝堂;刘正君
地址: 310000 浙江省杭州市余杭*** 国省代码: 浙江;33
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摘要:
搜索关键词: 一种 适用于 天然 物质 数据 解析 数据库 构建 方法
【权利要求书】:

1.一种适用于天然产物质谱数据解析的数据库构建方法,其特征在于:包括以下步骤:

S1.从化合物数据库上进行搜索获取与选定的天然产物骨架相关的所有化合物,并记录化合物相关信息;

S2.基于裂解规律对化合物进行计算机模拟裂解,获得该化合物的裂解碎片,记录化合物碎片相关信息;

S3.根据化合物碎片以及化合物的相关信息建立起数据库,并将数据库与网络平台相接。

2.根据权利要求1所述的一种适用于天然产物质谱数据解析的数据库构建方法,其特征是所述步骤S1中搜索获取化合物的过程包括:根据选定要求获得子结构,根据子结构进行搜索,获取所有包含子结构的化合物。

3.根据权利要求1或2所述的一种适用于天然产物质谱数据解析的数据库构建方法,其特征是步骤S1中记录的化合物相关信息包括化合物分子结构式、分子式、分子量、化合物数据库中的编号。

4.根据权利要求1所述的一种适用于天然产物质谱数据解析的数据库构建方法,其特征是步骤S2中裂解过程包括:

S21.对化合物进行判定,判定化合物属于何种类型;

S22.对属于同一类型化合物根据选定的键进行分类;

S23.将分类后的化合物按照对应的裂解规律进行模拟裂解。

5.根据权利要求1或4所述的一种适用于天然产物质谱数据解析的数据库构建方法,其特征是步骤S2中记录的化合物碎片相关信息包括裂解类型信息,碎片的分子结构式、分子量,碎片归属信息,碎片归属信息包括碎片裂解前的分子结构式、分子量、分子式。

6.根据权利要求1或2或4所述的一种适用于天然产物质谱数据解析的数据库构建方法,其特征是步骤S1中的化合物数据库采用PubChem、CA或Reaxys。

7.根据权利要求1或2或4所述的一种适用于天然产物质谱数据解析的数据库构建方法,其特征是步骤S2中采用化学信息学工具对化合物进行模拟裂解,化学信息学工具为RDKit或CDK。

8.根据权利要求1或2或4所述的一种适用于天然产物质谱数据解析的数据库构建方法,其特征是建立数据库采用的数据库系统包括Oracle、mysql、splite或microsoftsqlserver。

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