[发明专利]一种与中华绒螯蟹体重相关的SNP标志及其应用

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及一种与中华绒螯蟹体重相关的SNP标志及其应用。

背景技术

中华绒螯蟹(Eriocheirsisensis)又称为河蟹，是长江中下游地区重要的水产养殖对象。自然条件下，河蟹一般为2年生，每年秋季成蟹洄游到出海的河口交配、产卵，第二年3～5月孵化，发育成幼蟹(大眼幼体、仔蟹、蟹种)后，再溯江河而上，在淡水中继续发育长大为成蟹。一般而言，在河蟹养殖过程放养较大规格(体重)的蟹种可以获得较大的成蟹捕捞规格。因此，在河蟹苗种培育过程中，大规格蟹种的市场需求一直较大，养殖效益通常较好，其价格也相应最高。在之前的研究中，已有许多研究者尝试从蟹种培育池形状(面积)、蟹苗投放密度、饲料投喂、水质调控、水草种植等各个方面探讨大规格蟹种的培育模式，目前国内外尚未见蟹种规格(体重)相关分子标记开发及应用的相关报道。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术的上述空白，提供一种与中华绒螯蟹(蟹种)体重相关的SNP标志及其应用。

本发明的另一目的是提供该SNP标志的分子标记及其引物和应用。

本发明的目的可通过以下技术方案实现：

与中华绒螯蟹体重相关的SNP标记，所述SNP标记位于河蟹蜕皮抑制激素基因MIH的5’-侧翼区，具体位置为MIH基因的372bp处，碱基变异信息为SNP g.372 T>C，该SNP位点与中华绒螯蟹蟹种的体重性状之间存在着显著的相关性，其中CC基因型个体的平均体重显著高于TT基因型个体的平均体重；所述的MIH基因Genbank检索号为AY310313。

一种基于所述的SNP标记开发分子标记的方法，以含有所述的SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以中华绒螯蟹基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的SNP标记转化为分子标记。

其中，所述的引物对序列为上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3；所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位点位于第126位，存在T/C多态性。

按照上述的方法得到的分子标记。

所述的分子标记序列优选如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位点位于第126位，存在T/C多态性。

一种用于检测本发明所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。

一种检测所述的SNP标记的方法，包含PCR扩增中华绒螯蟹基因组中含有本发明所述的SNP标记的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的T/C多态性。

所述的方法优选包括以下步骤：

(1)取中华绒螯蟹的腿部肌肉并提取基因组DNA；

(2)用已提取的中华绒螯蟹基因组DNA为模板，使用权利要求6所述的引物进行PCR扩增；

(3)将PCR扩增产物采用MboII限制性内切酶对所得到的PCR产物进行酶切，分析酶切结果，根据酶切结果判断在SEQ ID NO：1第126位的T/C多态性。

本发明所述的SNP标记、分子标记、引物在选育大规格中华绒螯蟹新品种中的应用。

一种选育大规格中华绒螯蟹新品种的方法，包括检测中华绒螯蟹MIH基因的372bp处的基因型，选育该核苷酸位点为CC型的个体作为亲蟹。

有益效果：

河蟹等甲壳动物的生长是跳跃式的，通过蜕皮才能生长，蜕皮过程与其发育、生长、繁殖、附肢再生等重要生理过程密切相连。本发明以河蟹蜕皮抑制激素基因(MIH)上的单核苷酸多态位点为研究目标，发现位于MIH基因5’-侧翼区的一个SNP位点(SNP g.372 T>C)与蟹种的体重性状之间存在着显著的相关性，其中CC基因型个体的平均体重显著高于TT基因型(P<0.05)个体。在以规格(体重)为选育指标的河蟹遗传育种研究过程中，通过对河蟹育种群体进行SNP g.372 T>C基因分型，结合形态学特征分析，可以优先选择基因型为CC的个体作为育种亲本，本研究对于选育大规格河蟹新品种具有重要的指导意义。

附图说明

图1.SNP g.372 T>C的基因分型图谱以及PCR产物直接测序验证图谱

注:采用PCR-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)的方法进行基因分型，并通过PCR产物直接测序的方法加以确认。电泳图谱中1号泳道为CC基因型，2号泳道为TT基因型，3号泳道为CT基因型。