[发明专利]一种鉴别生长性能优异的晋南牛的IGF2基因分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，尤其涉及一种鉴别生长性能优异的晋南牛的IGF2基因分子标记SNP、SNP的引物、SNP的试剂盒及鉴别方法。

背景技术

生长性状是肉牛主要的经济性状，其主要包括体高、体重、体斜长、胸围、腹围、腰脚宽、坐骨端宽及十字部高等指标。同时生长性状是受多基因座位控制的数量性状，表型选择遗传进展缓慢，影响生长性状的主基因的确定对我国地方黄牛品种向肉用方向培育有重要意义。

单核苷酸多态性(SNP)是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类遗传标记，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现形式有转换、颠换、插入和缺失等。测序、单链构象多态性聚合酶链式反应、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应及飞行时间质谱等技术可以实现SNP的检测。SNP作为新的遗传标记已广泛应用于基因定位、克隆、遗传育种及多样性的研究。

胰岛素样生长因子2(insulin-like growth factor 2)又称为生长调节素A，是由67个氨基酸残基组成的蛋白质，具有诱导细胞分化、促进有丝分裂、胚胎形成、调控机体生长发育的作用。前人研究证明IGF2在牛的骨骼肌再生过程中发挥着重要的作用。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于鉴别生长性能优异的晋南牛的IGF2基因分子标记SNP及其应用。

本发明是通过以下技术方案实现的：

本发明提供了一种用于鉴别生长性能优异的晋南牛的IGF2基因分子标记SNP，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，第71位点处的碱基为C或T，此处碱基为C的晋南牛的生长性能显著高于此处碱基为T的晋南牛。

本发明还提供了检测所述分子标记SNP的引物对，核苷酸序列如下：

正向引物F：5’-TGGCAGCGACTGCTACTATTG-3’，

反向引物R：5’-GAGCACTCCAAAGGCAGCTTT-3’，

SNP分型延伸引物：5’-AGTCGAGAGCCTGGGGCACCAG-3’。

所述引物对特异性扩增出SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列。

本发明还提供了一种用于鉴别生长性能优异的晋南牛的试剂盒，所述试剂盒包括引物F、引物R、SNP分型引物、Premix TaqTM、ExoI、FastAP、ExoI buffer、Snapshot Mix中的一种或多种，其中Premix TaqTM由dNTPs、DNA聚合酶、Mg2+、PCR缓冲液组成。

本发明还提供了一种利用SNP标记鉴定生长性能高的晋南牛的方法，包括如下步骤：

(1)提取待检测晋南牛的基因组DNA；

(2)以第一步获得的基因组DNA为模板，利用权利要求2所述的引物F和R进行PCR扩增，获得晋南牛IGF2基因上203bp的目的片段；PCR反应体系为25μL，其中100ng/μL基因组DNA模板1μL，10pmol/μL引物F和R各1μL，12.5μL Premix TaqTM，9.5μL ddH2O，PCR反应条件为：95℃10min；94℃30sec，60℃30sec，72℃30sec，35个循环；72℃10min；4℃forever；

(3)利用SnaPshot技术检测PCR产物，首先对PCR产物纯化：取PCR产物用ExoI和FastAP纯化，主要是用ExoI去除反应产物中的剩余引物，用FastAP去除反应中剩余的DNTP，反应体系为PCR产物3ul，ExoI 0.2ul，FastAP 0.8ul，ExoI buffer 0.7ul，补水至7ul，反应条件为37℃15min，80℃15min；然后进行延伸反应：体系为已纯化PCR产物2ul，Snapshot Mix试剂1ul，延伸引物混合2ul，补水至6ul，条件为96℃1min；96℃10sec，52℃5sec，60℃30sec，30个循环；取1ul延伸产物，加10ul上样loading，95℃变性3min，立即冰水浴，上测序仪，如果扩增产物序列中71bp处为C，则待测晋南牛属于生长性能高的优势个体。

本发明还提供了下述任一应用：

(1)上述分子标记SNP在鉴定生长性能高的晋南牛优势品种中的应用；

(2)上述引物对在鉴定生长性能高的晋南牛优势品种中的应用；

(3)上述试剂盒在鉴定生长性能高的晋南牛优势品种中的应用；