[发明专利]一种rs12979860检测引物、其组合物

说明书

本发明提供一种rs12979860检测引物、其组合物，属于指导丙型肝炎用药的基因检测技术领域。本发明在LAMP基础上采用等位基因特异性LAMP方法，针对等位基因之间的碱基差异设计特异引物，从而检测某一特异等位基因。本发明提供的检测方法，具有与Taqman技术相同的高灵敏度，且本发明还具有特异性好、操作简便、检测时间短的优点。

技术领域

本发明涉及指导丙型肝炎用药的基因检测技术领域，尤其涉及一种rs12979860检测引物、其组合物。

背景技术

丙型肝炎是一种主要经由血液传播的疾病，目前世界上约有3.4亿人患有慢性丙型肝炎病毒(HCV)感染。我国约有4千万感染者，每年新发病例400万例左右，仅有不到30％的HCV感染者可在半年内自发清除病毒，多数的HCV感染者将发展为慢性感染，其中约有30％的患者会发展为肝脏纤维化和肝细胞癌等。丙型肝炎目前治疗采用的药物主要有干扰素(PEG-IFN alpha)联合利巴韦林(ribavirin，RBV)、特拉匹韦(telaprevir，TVR)和波西普韦(boceprevir,BOC)等。现已有研究证明，PEG-IFN alpha与RBV联合应用获得持续病毒应答(SVR)和HCV自发清除的可能性，均与19号染色体上的IL28B基因密切相关，经过GWAS分析发现，IL28B的一个SNP-------rs12979860与HCV 1型感染者获得SVR强烈相关。rs12979860是已知的与HCV感染者的SVR情况最相关的基因位点，其中C/C基因型与SVR正关联，而另外两种基因型(C/T和T/T)与非病毒学应答(NVR)正关联。C/C基因型的患者SVR获得率较其他两种基因型患者高出一倍，而且IL28B的检测对SVR的预测要优于治疗前检测HCV RNA水平，纤维化分级以及年龄和性别，且对于HCV 1型的效果要好于2型和3型。鉴于IL28B基因多态性的临床价值，2011年欧洲肝脏研究学会在HCV感染诊治指南中就新加入了对宿主IL28B基因型的检测以预测抗病毒治疗疗效，同年9月美国肝病研究会更新的《基因1型慢性HCV感染治疗指南》中也强调，对于标准治疗联合TVR的三联疗法，IL28B基因型是预测患者获得SVR的强有力因素，在治疗前应考虑对患者进行IL28B基因型检测，中国国家食品药品监督管理总局(CFDA)于2015年发布的《药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)》中明确指出，“检测IFNL3rs12979860基因型有助于HCV感染的个体化治疗，从而提高其治疗水平”。

目前针对rs12979860的检测手段很多，主要包括直接测序法，PCR-SSCP法，TaqmanSNP法，等位基因特异性PCR法，单碱基延伸法等。直接测序法可检测所有突变，然而劳动量大，不够灵敏，并且需要非常昂贵的DNA分析仪，因此并不适合推广应用；Taqman SNP法，单碱基延伸法，HRM法等虽然灵敏度很高，但同样也需要依赖较为昂贵的进口设备，因此大范围的推广也比较困难。PCR-SSCP法和等位基因特异性PCR法在样本量较大时操作很繁琐，并且由于都要做开管检测，所以很容易造成气溶胶污染而出现假阳性。

环介导等温扩增(Loop-mediated Isothermal Amplification，LAMP)技术是日本科学家于2000年开发出来的一种恒温扩增技术，针对靶基因的六个区域设计四条特异性引物，在链置换DNA聚合酶的作用下恒温扩增，可在十几分钟到一小时之内产生10⁹-10¹⁰数量级的产物，反应结束后通过肉眼直接观察体系状态的改变来判定待测样本的基因型，无需开管，因此大大简化了操作步骤，同时又可以有效避免样本交叉污染，而且，仅需普通水浴锅即可开展检测，又节约了大量的检测成本。因此，用LAMP法检测rs12979860对于丙型肝炎患者的基因型检测、丙型肝炎的治疗等具有重要的意义。

发明内容

本发明要解决的问题是现有的检测rs12979860的方法较为复杂，成本高、工作量大，不适宜大范围推广使用。