[发明专利]用于虾夷扇贝EST-SSR检测的引物及其分子标记方法

权利要求书

1.用于虾夷扇贝EST-SSR检测的引物，其特征在于在检测过程中同时使用该引物，所述的引物共有11组：

第1组引物：其序列如序列表SEQIDNO：1～2所示；

第2组引物：其序列如序列表SEQIDNO：3～4所示；

第3组引物：其序列如序列表SEQIDNO：5～6所示；

第4组引物：其序列如序列表SEQIDNO：7～8所示；

第5组引物：其序列如序列表SEQIDNO：9～10所示；

第6组引物：其序列如序列表SEQIDNO：11～12所示；

第7组引物：其序列如序列表SEQIDNO：13～14所示；

第8组引物：其序列如序列表SEQIDNO：15～16所示；

第9组引物：其序列如序列表SEQIDNO：17～18所示；

第10组引物：其序列如序列表SEQIDNO：19～20所示；

第11组引物：其序列如序列表SEQIDNO：21～22所示。

2.根据权利要求1所述的用于虾夷扇贝EST-SSR检测的引物，其特征在于所述的引物是按照以下方法进行设计的：

一、在Genbank中共查到11000条海湾扇贝和栉孔扇贝的EST序列；

二、利用cap3软件对EST序列进行微卫星序列的查找；其中，查找的标准是：7次以上重复的双碱基重复序列或5次以上重复的3碱基重复序列接着，再次用BLAST程序进行序列之间的比较，将相似性≥90％的序列认为是同一序列，以排除冗余；

三、从步骤二排除冗余后得到的63个EST-SSR序列中，选取50个序列进行引物设计，引物设计的标准是：引物长度为18～22bp，GC含量在50％～75％之间，Tm值为50～65℃，引物内不出现发夹结构。

3.一种利用虾夷扇贝EST-SSR的虾夷扇贝分子标记方法，其特征在于它是按照以下步骤进行的：

一、提取虾夷扇贝的DNA；

二、采用权利要求1的引物组对虾夷扇贝样本进行PCR扩增；

三、对PCR产物进行电泳分析，依据电泳结果对虾夷扇贝进行遗传多样性及其与生长性状分析。

4.根据权利要求3所述的一种利用虾夷扇贝EST-SSR的虾夷扇贝分子标记方法，其特征在于PCR反应体系如下：

PCR反应程序为：94℃5min；94℃30s，49～58℃30s，72℃30s，共28个循环，72℃10min，4℃保存。

5.根据权利要求3所述的一种利用虾夷扇贝EST-SSR的虾夷扇贝分子标记方法，其特征在于所述的依据电泳结果对虾夷扇贝进行遗传多样性及其与生长性状分析是按照以下方式进行的：计算每组引物的多态性信息含量，其中，计算公式为：式中：为第i个位点的等位基因数，n为某微卫星基因座所具有的等位基因数，q_i为某群体第i个等位基因的基因频率。其中：i，j为某个微卫星基因座的第i，j个等位基因，q_i，q_j为其等位基因频率，n为等位基因数。