[发明专利]一种栉孔扇贝生长性状相关的SNP位点及其应用

说明书

技术领域

本发明属于分子育种遗传标记筛选技术领域，具体涉及一种栉孔扇贝生长性状相关的SNP位点及其检测和应用。

背景技术

Smad家族是一类细胞质内信号转导分子，在转化生长因子β(transforminggrowthfactorβ,TGF-β)/Smad信号通路中具有重要的信号转导作用。来自TGF-β超家族成员的信号作用于II和I型丝氨酸/苏氨酸激酶受体后，经Smad直接转导入细胞核内，对生物体细胞增殖、分化和生长等过程进行调控。目前，哺乳动物中已发现至少8种不同的Smad蛋白，根据其在信号转导过程中作用的不同，可分为3类：受体调节型Smad(receptor-regulatedSmads,R-Smad)、通用型Smad(common-partnerSmads,Co-Smad)和抑制型Smad(inhibitorySmads,I-Smads)。

目前，对Smad家族基因的研究主要集中在脊椎动物，在双壳类动物中也有少量报道，并且发现Smad具有调节双壳类的生长的功能。栉孔扇贝是我国重要海产经济贝类，培育生长性状优良的高产品种是提高其经济效益的重要途径之一，获得与扇贝生长性状相关的基因及基因位点可辅助高产扇贝的选育。目前，在扇贝中与生长相关的基因及基因位点的报道较少，且未见Smad家族基因相关研究。

发明内容

本发明的目的是提供一种栉孔扇贝生长性状相关的SNP位点及其检测和应用，即通过克隆栉孔扇贝Smad基因，并筛查出基因中与体重、软体重和横纹肌重等重要生长性状相关的SNP位点，为高产栉孔扇贝的选育提供分子标记。

本发明首先提供一种栉孔扇贝Smad3基因(CfSmad3)，该基因编码的氨基酸序列为SEQIDNO:1；

所述的基因，其核苷酸序列为SEQIDNO:2；

本发明另一个方面提供一种与栉孔扇贝生长性状相关的SNP位点，所述的位点为核苷酸序列为SEQIDNO:2的CfSmad3基因的846位，其碱基为G或T；

本发明还提供用于检测上述SNP位点的探针及分型引物：

探针Smad3pb1(SEQIDNO:3)

5′-CAACATCAATCGGACCCAGCAGGTGCT-3′；

分型引物为Smad3sf1(SEQIDNO:4)

5′-TACTGTAGATGGGTTCACCGATCCC-3′；

Smad3sr1(SEQIDNO:5)

5′-TACCAATGTGGCGTCTCGTCATCTC-3′。

本发明提供的SNP位点用于栉孔扇贝的亲本选育。

通过对CfSmad3基因的转录序列进行测序和Clustal比对，筛查SNP位点。运用高分辨率熔解曲线(Highresolutionmelting,HRM)技术在栉孔扇贝群体中检测位点多态性，并分析位点基因型频率与扇贝生产性状间的相关性。位点C.846G>T与栉孔扇贝体重、软体重和横纹肌重等重要生长性状显著相关，GG型个体的上述生长性状均显著高于GT型个体(P<0.05)。因此，在生产中可优先选择在该位点基因型为GG型的个体，作为高产扇贝选育的亲本或者进行规模养殖，避免选择该位点为GT型个体作为亲本或者进行规模养殖，也应避免选择该位点分别为TT型和GG型的亲本进行杂交。

具体实施方式

本发明选择Smad3基因高度保守区域设计简并引物扩增目的基因片段，利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得该基因的cDNA全长序列。该基因cDNA全长1501bp，其中ORF长度为1248bp，编码415个氨基酸，预测蛋白分子量46.86KD，等电点为6.52；5’UTR长度为139bp，3’UTR长度为114bp。蛋白序列中包含Smad家族蛋白2个特征性保守域MH1和MH2，分别在第26-134和220-391位氨基酸处。

通过对CfSmad3基因的转录序列进行测序和Clustal比对，筛查SNP位点。运用高分辨率熔解曲线(Highresolutionmelting,HRM)技术在栉孔扇贝群体中检测位点多态性，并分析位点基因型频率与扇贝生产性状间的相关性。位点C.846G>T与栉孔扇贝体重、软体重和横纹肌重等重要生长性状显著相关，该位点可用于栉孔扇贝的分子标记辅助育种。

下面通过实施例对本发明做进一步说明。

实施例1