[发明专利]基于PGR基因的猪繁殖性状相关的分子标记及其检测方法和应用

说明书

技术领域

本发明涉及动物分子育种领域，尤其涉及一种基于PGR基因的猪繁殖性状相关的分子标记及其检测方法和应用。

背景技术

分子标记辅助选择是基因工程在现代家畜育种中的一项重要应用，利用与育种性状相关的各种标记代替以表型为基础的选择，从分子水平上分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，可克服直接选择的弊端，提高选择的准确性和缩短世代间隔。

总产仔数、产活仔数等猪的繁殖性状是重要的经济性状，直接关系到养猪业的经济效益。

孕酮是一种很重要的甾体激素，在受孕和和维持妊娠中起关键作用，同时也是控制排卵、子宫和乳腺发育的重要因素。孕酮的生理作用是通过孕酮受体(PGR)介导的，因此，孕酮的生理效应不仅取决于孕酮本身的分泌和代谢，还与孕酮受体的表达与功能密切相关。人的PGR基因定位于11q22-q23，含有8个外显子和7个内含子。PGR基因多态性研究大部分集中在人和绵羊上。目前未见PGR基因与猪繁殖性状之间关系的研究报道。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术中存在的问题，提供一种基于PGR基因的猪繁殖性状相关的分子标记。本发明还提供了该分子标记的检测方法和应用。

本发明所述的基于PGR基因的猪繁殖性状相关的分子标记，它为猪PGR基因片段，所述的猪PGR基因片段含有多态性位点，所述的多态性位点为如SEQIDNO.1所示序列中第1319位，所述的多态性位点具有C/T碱基的变异。

序列表中SEQIDNO.1所示的序列为猪PGRmRNA序列，其第1319位为多态性位点，与猪总产仔数、产活仔数紧密相关，可利用该位点开发与猪繁殖性状相关的分子标记。

本发明所述的猪PGR基因片段的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示；或所述的猪PGR基因片段的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示。当然，本发明所述的猪PGR基因片段也可以为包含如SEQIDNO.2所示核苷酸序列的DNA片段。根据检测方法，可以选择合适长度的能够包含多态性位点的DNA片段。

本发明还提供了所述的分子标记的检测方法，包括：

(1)根据所述的分子标记的核苷酸序列设计引物；

(2)以待检测猪的基因组DNA为模板进行PCR扩增；

(3)判断PCR扩增产物中多态性位点的类型。

步骤(3)中，可对PCR产物进行测序或电泳分析，判断多态性位点的碱基类型。

优选的，步骤(1)中，上游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.14所示，下游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.15所示。利用该引物，可采用错配PCR-RFLP的方法准确方便的检测多态性位点的类型。

作为另一种可选择的，步骤(1)中，上游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.4所示，下游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.5所示。

本发明还提供了所述的分子标记在猪繁殖性状选择中的应用。

具体的，猪可以为小梅山猪、枫泾猪或大白猪。繁殖性状为总产仔数或产活仔数。

与现有技术相比，本发明的有益效果为：

本发明研究发现，猪PGR基因第1外显子存在一个突变位点(即多态性位点)，该位点位于如SEQIDNO.1所示序列的第1319位，该突变位点与猪的繁殖性状尤其是总产仔数或产活仔数相关，且容易检测，从而本发明根据该突变位点提供了一种基于PGR基因的猪繁殖性状相关的分子标记，并提供了该分子标记的检测方法及在猪繁殖性状选择中的应用，为猪分子育种、研究猪繁殖生理机制提供基础。

附图说明

图1为实施例1猪PGR基因SNPs筛选结果；

图2为实施例1猪PGR基因C1319T氨基酸序列比对结果；

图3为实施例1错配PCR-RFLP的错配碱基与酶切位点分析结果；

图4为实施例1猪PGR基因C1319T的错配PCR-RFLP检测部分样本的电泳图；

图5为实施例1突变位点C1319T分型检测中AA基因个体的测序结果；

图6为实施例1突变位点C1319T分型检测中BB基因个体的测序结果。

具体实施方式

下面结合具体实施例，进一步阐明本发明，应理解这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围，在阅读了本发明之后，本领域技术人员对本发明的各种等价形式的修改均落于本申请所附权利要求所限定的范围。

实施例1