[发明专利]与京海黄鸡腹脂性状显著相关的特异SNPs分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于家禽育种领域，具体为根据基于第二代测序和简化基因组测序的特异性位点扩增片段测序(SpecificLocusAmplifiedFragmentSequencing,SLAF-seq)技术对京海黄鸡全基因组进行测序，利用生物信息学对测序数据进行分析，获得大量的特异单链核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism,SNPs)分子标记，将得到的SNPs与京海黄鸡腹脂性状进行全基因组关联分析，从而开发出1个与京海黄鸡腹脂性状显著相关的SNPs标记，利用生物信息学方法分析得到1个影响京海黄鸡腹脂性状的重要候选基因。这些SNPs标记和候选基因不仅为京海黄鸡腹脂性状的分子标记辅助选择提供了重要的理论与素材基础以及育种新思路，还为其他动物物种分子标记的开发提供了重要借鉴。

背景技术

优质鸡是具有中国特色的地方品种肉鸡，其肉质鲜美，风味独特，被广大消费者所喜爱，肌肉的风味与脂肪含量密切相关。肉鸡脂肪主要沉积在皮下、内脏(主要为腹脂、肠胃周围脂肪)以及肌肉与骨骼等部位，其中腹脂是脂肪沉积的主要部位。从养殖角度考虑，腹脂和肌内脂肪直接影响肉鸡的屠宰性状和肉质性状。其中，腹脂主要影响屠宰性状，腹脂过多会造成肉鸡过肥，从而生产性能下降。因此，有必要对鸡腹脂性状进行遗传改良，虽然过去几十年来采用传统育种方法对腹脂性状的遗传改良取得了显著的效果，然而腹脂性状为复杂数量性状，受诸多基因的控制，如今，传统育种方法已很难对腹脂性状取得较大的遗传进展。目前，一种新的育种新方法逐渐在动物育种领域得到应用，即全基因组关联分析(Genome-wideAssociationStudy,GWAS)。全基因组关联分析旨在从全基因组范围内寻找与性状关联的SNPs，得到的SNPs可用于分子标记辅助选择。京海黄鸡是在长期开展我国地方鸡种质资源调查、评价与保护的基础上，经多年连续攻关成功培育而成的我国目前唯一通过国家畜禽遗传资源委员会审定的具有小型、优质、早熟和抗逆四大特点的鸡新品种，京海黄鸡的育成，即采用了常规育种方法，又采用了分子辅助选择方法，是鸡育种中理论与实践相结合的一个范例。

发明内容

本发明利用SLAF-seq技术在京海黄鸡全基因组范围内获得了90961个SNPs标记，结合全基因组关联分析获得了1位于2号染色体上与京海黄鸡腹脂性状显著相关的特异性SNPs标记，生物信息学分析获得了1影响京海黄鸡腹脂性状的候选基因。

本发明所述与京海黄鸡腹脂性状显著相关的特异分子标记，是rs317160657，位于14号染色体12246236bp处，突变类型为C/T突变，产生三种基因型，分别为AA、BB和AB。

本发明还公开了京海黄鸡14号染色体12246236bp位点作为与京海黄鸡腹脂性状显著相关的特异分子标记的应用。

本发明进一些步公开了包含上述特异SNPs标记rs317160657的整联蛋白重复蛋白3(ITFG3)基因，位于14号染色体12244056-12262838bp，长18782bp。可作为京海黄鸡腹脂重的候选基因。用于扩增上述rs317160657SNPs标记位点的引物序列如SEQIDNO：1和SEQIDNO：2所示。

本发明所述的SNPs标记获取自400只京海黄鸡核心群，样本容量大，可靠性和准确性高，不仅可用于京海黄鸡腹脂多少的检测，还可用于京海黄鸡腹脂性状的遗传改良，为京海黄鸡腹脂性状的分子标记辅助选择提供了重要的理论和素材基础。

本发明所述的1候选基因分别包含上述SNPs，其为影响京海黄鸡腹脂性状的重要基因，为控制腹脂性状主效基因的筛选奠定了基础。

本发明利用SLAF-seq技术开发与京海黄鸡腹脂性状显著相关的SNPs标记，具有通量高、重复性好、精度高等特点，为鸡乃至其他物种SNPs标记的开发提供了成功案例。

附图说明

图1是京海黄鸡腹脂重全基因组关联分析的QQ-plot图。

图2是京海黄鸡腹脂重全基因组关联分析的曼哈顿图。

具体实施方式

实施例1

1.试验材料

400只京海黄鸡核心群母鸡获取自江苏省南通市京海黄鸡育种场，60日龄翅静脉采血1.5ml，-20℃备用。43周龄屠宰分割，称取腹脂重，腹脂重描述性统计结果见表1。

表1京海黄鸡腹脂重描述性统计

2.SLAF-seq技术方案设计