[发明专利]一种慢羽公鸡基因型的检测方法

说明书

本发明涉及基因型检测领域，特别涉及一种慢羽公鸡基因型的检测方法，以纯合慢羽公鸡和杂合慢羽公鸡中含有的特定片段重复数的不同来判断是否为纯合慢羽公鸡；特定片段可通过第一对引物进行PCR扩增；第一对引物的上下游引物核酸序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。本发明通过设计引物扩增出只有慢羽鸡能扩增出来的特定片段，快羽鸡扩增不出该段序列。因为公鸡基因型为ZZ，而位于Z染色体上的慢羽K基因有部分片段重复，所以在DNA初始浓度一致的情况下，理论上通过一定循环数的PCR扩增，纯合慢羽公鸡的该片段的DNA含量是杂合慢羽鸡该片段DNA含量的2倍，由此鉴定慢羽公鸡的基因型。

技术领域

本发明涉及基因型检测领域，具体而言，涉及一种慢羽公鸡基因型的检测方法。

背景技术

羽速基因位于鸡的Z染色体上，为伴性基因，控制羽毛生长的速度。快慢羽是一对等位基因(K-k)，慢羽(K)对快羽(k)为完全显性，公鸡染色体型为ZZ，故慢羽公鸡分纯合和杂合两种。快慢羽的区分主要由初生雏鸡翅膀上的主翼羽和覆主翼羽的长短来确定，从而可通过出壳雏鸡的羽型区分性别。但是，纯合慢羽基因型和杂合慢羽基因型的公鸡需要进一步将未知基因型的慢羽公鸡与慢羽母鸡杂交才得以区分，杂交后纯合慢羽公鸡的后代全部为慢羽，而杂合慢羽公鸡的后代会出现快羽，且该快羽个体为母鸡。

快慢羽自别雌雄是近代养鸡生产中的重要技术措施，已在国内外养鸡业中广泛应用。但利用表型鉴定鸡的快慢羽在应用于雏鸡自别雌雄时除鉴别准确率因鉴别误差不能达到100％外，2010年第32卷第4期China Poultry指出最主要的问题是能进行准确鉴定的时间有一定的限制，一般不能超过出壳后24h。因此，在培育自别雌雄配套系时一般需从雏鸡开始，需要2～3个世代才能形成后代达到一定自别雌雄准确率(一般要求99％以上)的配套系。

为了提高育种效率和鉴定准确率，需要新的检测手段。有鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的目的在于提供一种慢羽公鸡基因型的检测方法，设计了两对引物，对特定核酸片段进行扩增，并对所扩增出的两个目的片段的DNA进行定量。根据该两个目的片段的DNA含量比值判断慢羽公鸡的基因型，能快速有效地鉴别出慢羽公鸡的基因型，准确率高，达到100％；并且极大程度缩短了建立鸡纯慢羽系的时间。

为了实现本发明的上述目的，特采用以下技术方案：

一种慢羽公鸡基因型的检测方法，以纯合慢羽公鸡和杂合慢羽公鸡中含有的特定片段重复数的不同来判断是否为纯合慢羽公鸡；

所述特定片段可通过第一对引物进行PCR扩增；

所述第一对引物的上下游引物核酸序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。

Elferink等发现控制羽速的慢羽K等位基因是由串联重复序列构成，其总长度为176,324bp，由两个基因部分重复所引起：PRLR基因和编码精子鞭毛蛋白的SPEF2基因，包含了PRLR基因的外显子1-11和558bp的外显子12以及SPEF2基因的外显子1-外显子5。通过设计引物，在慢羽鸡中扩增出一段长78bp的断点连接序列，快羽鸡扩增不出该段序列，因此，该引物可作为区分快慢羽的一种分子检测手段。在此基础上，通过设计引物扩增出一段包含78bp的长度为1305bp的断点连接序列，只有慢羽鸡能扩增出来，快羽鸡扩增不出该段序列。因为公鸡基因型为ZZ，而位于Z染色体上的慢羽K基因有部分片段重复，所以在DNA初始浓度一致的情况下，理论上通过一定循环数的PCR扩增，纯合慢羽公鸡的该片段的DNA含量是杂合慢羽鸡该片段DNA含量的2倍，由此鉴定慢羽公鸡的基因型。

特定片段重复数的不同可以通过待检测样本与已知纯合慢羽公鸡或已知杂合慢羽公鸡进行比较来判断；也可以与其自身的内参基因进行比较来判断。

优选地，所述特定片段重复数的不同通过内参基因进行比较来判断；