[发明专利]稻瘟病抗性基因Pi9功能特异性分子标记Pi9FNP及方法与应用

权利要求书

1.一种稻瘟病抗性基因Pi9基因特异性分子标记Pi9FNP，其特征在于：所述的分子标记Pi9FNP的序列如下：

CGAATTGTAAATAAATGTGGTCGTCTACCATTAGCAATACTTACAATAGGAGCTGTGCTTGCAACTAAACATGTGTCAGAATGGGAGAAATTCTATG；

其中：稻瘟病抗性水稻品种在下划线处的碱基为T；稻瘟病感性水稻品种在下划线处的碱基为G；

所述的稻瘟病抗性水稻品种为IRBL9-W(Pi9)、C101A51(Pi2)、抗性品种IRBLzt-T(Piz-t)或抗性品种谷梅4号(Pigm)，稻瘟病感性水稻品种为日本晴(Nip)、感病品种LTH或感病品种9311。

2.一种如权利要求1所述的稻瘟病抗性基因Pi9特异性分子标记Pi9FNP的检测方法，其特征在于：其步骤如下:

(1)通过常规PCR法扩增，获得多个Pi9等位位点抗性基因和非抗性基因的DNA序列；

(2)将步骤(1)所得的序列对比，筛查Pi9特异的、能区别于该位点其他稻瘟病等位抗性基因的特异性单碱基SNP差异位点；

(3)利用步骤(2)获得的SNP信息，根据dCAPS标记的设计原理，在所述SNP位点处设计带有错配碱基的基因特异性下游引物，下划线是引入的错配碱基，在该SNP位点上游50～100bp处设计基因特异性上游引物，引物对碱基序列如下:SEQ ID NO.1(5’-3’):CGAATTGTAAATAAATGTGGTC；

SEQ ID NO.2(5’-3’)：CATAGAATTTCTCCCATTCTGGCGC；

(4)以携带有稻瘟病抗性基因Pi9的稻瘟病抗性品种的总DNA为模板，进行PCR扩增，所获得的PCR产物经限制性内切酶Hae II酶切后，进行电泳检测的DNA片段，未被酶切开的即为稻瘟病抗性基因Pi9基因特异性分子标记Pi9FNP；步骤(4)中所述的PCR的反应体系如下：

10x PCR buffer Mg²⁺Plus:2.5μl

dNTPs 2.5mM each:2.0μl

SEQ ID NO.1 10μM:1μl

SEQ ID NO.2 10μM:1μl

TaKaRa Taq^TM 5U/μl:0.2μl

DNA模板＜0.2μg/μl:1μl

ddH₂O补至25μl；

所述的PCR的反应条件如下：预变性94℃5分钟；94℃30秒、55℃30秒、72℃20秒，扩增35个循环；72℃7分钟；10℃保存。

3.权利要求1所述的一种稻瘟病抗性基因Pi9特异性分子标记Pi9FNP的应用，包括在水稻种质资源中鉴定该抗性基因，以及在分子标记辅助选择育种、基因聚合育种以及转基因育种中的应用。